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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ucx | |||||||||
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タイトル | Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate | |||||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / wild-type / folate / DHFR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fried, S.D.E. / Boxer, S.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Role of Electrostatics in Hydride Transfer by Dihydrofolate Reductase 著者: Fried, S.D.E. / Mukherjee, S. / Mao, Y. / Boxer, S.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 720.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 721 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vz4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18067.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FOL / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Mixed 1 microliter of ecDHFR-FOL in 20 mM imidazole at pH 7.0 with 1 microliter of a reservoir solution containing 14%(w/v) PEG 6000, 300 mM MnCl2, and 20 mM imidazole at pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→36.91 Å / Num. obs: 25931 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 658288 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.59 Å / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 1.743 / Num. measured all: 23924 / Num. unique obs: 1199 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 1.787 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→36.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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