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- PDB-8uct: Crystal structure of TcPINK1 in complex with PRT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uct
タイトルCrystal structure of TcPINK1 in complex with PRT
要素Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
キーワードCELL CYCLE / Mitophagy Autophagy Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / autophagy / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein autophosphorylation / mitochondrial inner membrane / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / autophagy / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein autophosphorylation / mitochondrial inner membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Veyron, S. / Rasool, S. / Trempe, J.F.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)153274 カナダ
Michael J. Fox Foundation12119 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of a new family of PINK1 inhibitors
著者: Shomali, T. / Rasool, S. / Croteau, N. / Veyron, S. / Truong, L. / Trempe, J.F.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7725
ポリマ－51,0321
非ポリマー7404
水41423
1
A: Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,54410
ポリマ－102,0652
非ポリマー1,4808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area5140 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area30610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.216, 53.216, 545.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial


分子量: 51032.293 Da / 分子数: 1 / 変異: W131A, W142A, Y225A, Y378A, F401A, F437A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: Pink1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D6WMX4
#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-3YT / 2-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-{[3-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide / PRT-062607


分子量: 393.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N9O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES, PEG 4000, 150mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→90.93 Å / Num. obs: 11014 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 75.42 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.93→2.98 Å / 冗長度: 16.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 521 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→90.93 Å / SU ML: 0.4527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0372
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3052 546 5.04 %
Rwork0.2834 10293 -
obs0.2845 10839 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→90.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 47 23 3051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00663092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77614217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0126547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.61971123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.93-3.230.37251150.39192308X-RAY DIFFRACTION93.48
3.23-3.70.39021430.33832535X-RAY DIFFRACTION99.93
3.7-4.660.2831240.25592612X-RAY DIFFRACTION99.93
4.66-90.930.2781640.25772838X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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