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- PDB-8uc6: Calpain-7:IST1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uc6
タイトルCalpain-7:IST1 Complex
要素
  • Calpain-7
  • IST1 homolog
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ESCRT-III / Abscission
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / ESCRT III complex disassembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / positive regulation of collateral sprouting / self proteolysis ...viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / ESCRT III complex disassembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / positive regulation of collateral sprouting / self proteolysis / multivesicular body assembly / Flemming body / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of proteolysis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral release from host cell / Degradation of the extracellular matrix / establishment of protein localization / protein localization / azurophil granule lumen / protein transport / nuclear envelope / midbody / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cadherin binding / protein domain specific binding / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. ...Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Calpain-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Paine, E. / Whitby, F.G. / Hill, C.P. / Sunquist, W.I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F31GM139318 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM112080 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD030326 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The Calpain-7 protease functions together with the ESCRT-III protein IST1 within the midbody to regulate the timing and completion of abscission.
著者: Paine, E.L. / Skalicky, J.J. / Whitby, F.G. / Mackay, D.R. / Ullman, K.S. / Hill, C.P. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Calpain-7
G: IST1 homolog
B: Calpain-7
E: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0104
ポリマ－47,0104
非ポリマー00
水75742
1
C: Calpain-7
G: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5052
ポリマ－23,5052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
2
B: Calpain-7
E: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5052
ポリマ－23,5052
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.841, 87.841, 183.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))
21(chain C and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))
12chain E
22chain G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETSERSER(chain B and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))BC1 - 691 - 69
121PROPROPROPRO(chain B and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))BC78 - 15378 - 153
211METMETSERSER(chain C and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))CA1 - 691 - 69
221PROPROPROPRO(chain C and (resid 1 through 69 or resid 78 through 153))CA78 - 15378 - 153
112VALVALLYSLYSchain EED324 - 3643 - 43
212VALVALLYSLYSchain GGB324 - 3643 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Calpain-7


分子量: 18603.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPN7 / 細胞株 (発現宿主): RIPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9Y6W3
#2: タンパク質・ペプチド IST1 homolog


分子量: 4901.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1 / 細胞株 (発現宿主): RIPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P53990
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1) ...詳細: Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.631 Å / Num. obs: 12228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 114.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.855 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.859 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.83104.16.8116452615810.650.6666.8431.599.9
8.96-39.63930.144387744170.9990.0150.14539.699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2KW3

2kw3


解像度: 2.701→39.631 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1221 10.03 %
Rwork0.2112 10949 -
obs0.2184 12170 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.56 Å2 / Biso mean: 48.851 Å2 / Biso min: 17.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.701→39.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2779 0 0 42 2821
Biso mean---46.43 -
残基数----345
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B874X-RAY DIFFRACTION3.534TORSIONAL
12C874X-RAY DIFFRACTION3.534TORSIONAL
21E142X-RAY DIFFRACTION3.534TORSIONAL
22G142X-RAY DIFFRACTION3.534TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.701-2.80880.37091310.28361178
2.8088-2.93660.29531310.24891188
2.9366-3.09130.34111310.21651173
3.0913-3.28490.26551330.20651191
3.2849-3.53840.27541340.19481200
3.5384-3.89420.23091340.17451198
3.8942-4.45710.24941360.17661229
4.4571-5.61290.29661390.21151239
5.6129-39.6310.3071520.24181353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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