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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uc3 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / cyclodipeptide oxidase / cyclic dipeptide oxidase / nitroreductase-like / enzyme filament / flavoenzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 albonoursin synthase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Andreas, M.P. / Giessen, T.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cyclodipeptide oxidase is an enzyme filament. 著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen / 要旨: Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the ...Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the structural characterization of the Streptomyces noursei enzyme AlbAB, a cyclodipeptide oxidase (CDO) carrying out α,β-dehydrogenations during the biosynthesis of the antibiotic albonoursin. We show that AlbAB is a megadalton heterooligomeric enzyme filament containing covalently bound flavin mononucleotide cofactors. We highlight that AlbAB filaments consist of alternating dimers of AlbA and AlbB and that enzyme activity is crucially dependent on filament formation. We show that AlbA-AlbB interactions are highly conserved suggesting that other CDO-like enzymes are likely enzyme filaments. As CDOs have been employed in the structural diversification of cyclic dipeptides, our results will be useful for future applications of CDOs in biocatalysis and chemoenzymatic synthesis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uc3.cif.gz | 117.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uc3.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uc3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uc3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uc3_validation.xml.gz | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uc3_validation.cif.gz | 51.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8uc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8uc3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42114MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21071.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) 遺伝子: albA 発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 株 (発現宿主): John Innes Centre M145 / 参照: UniProt: Q8GED9 #2: タンパク質 | 分子量: 11583.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) 遺伝子: albB 発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 株 (発現宿主): John Innes Centre M145 / 参照: UniProt: Q8GED8 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) / 株: John Innes Centre M145 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaCl, 150 mM Tris pH 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grid was glow discharged for 60 seconds at 5 mA under vacuum グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: Grid was plunge frozen into liquid ethane using the following parameters: blot force- 5, blot time 2 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.03063 sec. / 電子線照射量: 50.12 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3015 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 119.969 ° / 軸方向距離/サブユニット: 46.063 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1202923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 795765 詳細: Final reconstruction was generated by a masked local refinement of the helically refined map. The mask encompassed one dimer of AlbA and two surrounding dimers of AlbB. 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 107.4 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0. ...詳細: A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0.9.8.1 and real-space refinement in Phenix v 1.20.1-4487. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |