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- PDB-8uc2: Ethylene forming enzyme (EFE) R171A variant in complex with nicke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uc2
タイトルEthylene forming enzyme (EFE) R171A variant in complex with nickel and Benzoic acid
要素2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / ethylene biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / NICKEL (II) ION / 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Hu, J. / Hausinger, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE2203472 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1904295 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural, Spectroscopic, and Computational Insights from Canavanine-Bound and Two Catalytically Compromised Variants of the Ethylene-Forming Enzyme.
著者: Chatterjee, S. / Fellner, M. / Rankin, J. / Thomas, M.G. / J S Rifayee, S.B. / Christov, C.Z. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7506
ポリマ－39,4051
非ポリマー3455
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.109, 97.490, 98.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme


分子量: 39405.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
遺伝子: efe / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32021

-
非ポリマー , 5種, 469分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→62.03 Å / Num. obs: 47283 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1380 / CC1/2: 0.906

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→62.03 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1864 2358 4.99 %
Rwork0.1693 --
obs0.1701 47228 92.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→62.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 19 464 3142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9143870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9581041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.3013690.29051583X-RAY DIFFRACTION56
1.63-1.670.28151100.25081855X-RAY DIFFRACTION66
1.67-1.710.25361070.21582151X-RAY DIFFRACTION77
1.71-1.750.24651230.19722458X-RAY DIFFRACTION88
1.75-1.80.21091250.18832638X-RAY DIFFRACTION93
1.8-1.850.19021450.1822753X-RAY DIFFRACTION98
1.85-1.910.21771680.18972783X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.980.17621510.18972836X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.060.17911380.16692827X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.150.22691410.16762833X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.260.17781670.16582818X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.410.21760.16632811X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.590.18141520.16192843X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.850.16541350.17342890X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.270.17671590.17132853X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.110.15961370.14522910X-RAY DIFFRACTION100
4.11-62.030.18271550.16133028X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8425-0.6607-0.32866.80373.92547.58790.03030.179-0.11260.02970.2435-0.521-0.1090.3831-0.27380.17580.023600.1455-0.01370.226725.5941-1.377122.2176
21.03990.2326-0.87791.9455-0.6361.9557-0.0421-0.01980.01240.13190.03970.1326-0.0835-0.05880.00990.0559-0.0091-0.02750.1023-0.03070.111113.499918.42118.256
31.03030.3197-0.57961.620.54732.1767-0.04820.02180.0015-0.01670.03-0.0386-0.00970.09590.0220.06730.0082-0.02370.08280.01080.088721.000322.266914.6157
42.46510.21911.07623.2044-1.17990.98030.04850.2019-0.1177-0.35540.016-0.41630.11960.6444-0.06920.18680.00370.0520.1925-0.02840.247129.43888.578711.5139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 318 through 345 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 293 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 294 through 317 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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