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万見
- PDB-8ubh: Solution NMR structure of KaiB variant from Thermosynechococcus e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ubh
タイトルSolution NMR structure of KaiB variant from Thermosynechococcus elongatus vestitus (KaiBTV-4)
要素Circadian oscillation regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein folding / metamorphic protein / Fold-switching
機能・相同性Circadian clock protein KaiB-like / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / rhythmic process / Thioredoxin-like superfamily / Circadian oscillation regulator
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ojoawo, A. / Wayment-Steele, H.K. / Kern, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Predicting multiple conformations via sequence clustering and AlphaFold2.
著者: Wayment-Steele, H.K. / Ojoawo, A. / Otten, R. / Apitz, J.M. / Pitsawong, W. / Homberger, M. / Ovchinnikov, S. / Colwell, L. / Kern, D.
履歴
登録2023年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 2.02023年11月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_contact_author ...atom_site / pdbx_contact_author / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Model orientation/position / 詳細: Replaced model to fixed Cis-peptides / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.32024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian oscillation regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9211
ポリマ－9,9211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Circadian oscillation regulator


分子量: 9920.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 遺伝子: tll0553 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DLE2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
121isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic12D 1H-15N HSQC
1101isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
191isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
181isotropic33D C(CO)NH
171isotropic43D HBHA(CO)NH
1111isotropic33D H(CCO)NH
1121isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic43D 1H-15N NOESY
1141isotropic42D (HB)CB(CGCDCE)HDH AROMATIC
1151isotropic42D (HB)CB(CGCD)HD AROMATIC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 100 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N, 13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMMOPSnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7501
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6003
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8004

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解析

NMR software
名称開発者分類
PokyManthey, I. et al. POKY software tools encapsulating assignment strategies for solution and solid-state protein NMR data. J Struct Biol X 6, 100073 (2022). https://doi.org:10.1016/j.yjsbx.2022.100073chemical shift assignment
PINE ServerLee, W. et al. I-PINE web server: an integrative probabilistic NMR assignment system for proteins. J Biomol NMR 73, 213-222 (2019). https://doi.org:10.1007/s10858-019-00255-3chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PONDEROSA-C/SLee, W., Stark, J. L. & Markley, J. L. PONDEROSA-C/S: client-server based software package for automated protein 3D structure determination. J Biomol NMR 60, 73-75 (2014). https://doi.org:10.1007/s10858-014-9855-xstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
AUDANALee, W., Petit, C. M., Cornilescu, G., Stark, J. L. & Markley, J. L. The AUDANA algorithm for automated protein 3D structure determination from NMR NOE data. J Biomol NMR 65, 51-57 (2016). https://doi.org:10.1007/s10858-016-0036-ystructure calculation
TALOS-NShen, Y. & Bax, A. Protein structural information derived from NMR chemical shift with the neural network program TALOS-N. Methods Mol Biol 1260, 17-32 (2015). https://doi.org:10.1007/978-1-4939-2239-0_2structure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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