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万見
- PDB-8ubc: Diversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ubc
タイトルDiversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse transcriptase - Resting State 1b
要素
  • Avd
  • Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp
  • Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR
  • Reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Reverse transcriptase / Ribonucleoprotein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5,6,7,8-tetrahydromethanopterin hydro-lyase / carbon-nitrogen lyase activity / formaldehyde catabolic process / carbohydrate biosynthetic process / RNA-directed DNA polymerase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / bAvd-like / Formaldehyde-activating enzyme / Formaldehyde-activating enzyme superfamily / Formaldehyde-activating enzyme (Fae) / 23S rRNA-intervening sequence superfamily / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. ...: / bAvd-like / Formaldehyde-activating enzyme / Formaldehyde-activating enzyme superfamily / Formaldehyde-activating enzyme (Fae) / 23S rRNA-intervening sequence superfamily / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Bbp7 / Reverse transcriptase / 5,6,7,8-tetrahydromethanopterin hydro-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Biswas, T. / Handa, S. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM132720-03 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: RNA control of reverse transcription in a diversity-generating retroelement.
著者: Sumit Handa / Tapan Biswas / Jeet Chakraborty / Gourisankar Ghosh / Blair G Paul / Partho Ghosh /
要旨: Diversity-generating retroelements (DGRs) create massive protein sequence variation (up to 10) in ecologically diverse microorganisms. A recent survey identified around 31,000 DGRs from more than ...Diversity-generating retroelements (DGRs) create massive protein sequence variation (up to 10) in ecologically diverse microorganisms. A recent survey identified around 31,000 DGRs from more than 1,500 bacterial and archaeal genera, constituting more than 90 environment types. DGRs are especially enriched in the human gut microbiome and nano-sized microorganisms that seem to comprise most microbial life and maintain DGRs despite reduced genomes. DGRs are also implicated in the emergence of multicellularity. Variation occurs during reverse transcription of a protein-encoding RNA template coupled to misincorporation at adenosines. In the prototypical Bordetella bacteriophage DGR, the template must be surrounded by upstream and downstream RNA segments for complementary DNA synthesis to be carried out by a complex of the DGR reverse transcriptase bRT and associated protein Avd. The function of the surrounding RNA was unknown. Here we show through cryogenic electron microscopy that this RNA envelops bRT and lies over the barrel-shaped Avd, forming an intimate ribonucleoprotein. An abundance of essential interactions in the ribonucleoprotein precisely position an RNA homoduplex in the bRT active site for initiation of reverse transcription. Our results explain how the surrounding RNA primes complementary DNA synthesis, promotes processivity, terminates polymerization and strictly limits mutagenesis to specific proteins through mechanisms that are probably conserved in DGRs belonging to distant taxa.
履歴
登録2023年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32025年3月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase
B: Avd
C: Avd
D: Avd
E: Avd
F: Avd
H: Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR
I: Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,2938
ポリマ－253,2938
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, EM map and derived model, gel filtration, Superdex 200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase


分子量: 38099.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
遺伝子: brt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q775D8
#2: タンパク質
Avd / Formaldehyde-activating enzyme / Fae


分子量: 31753.635 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
遺伝子: bbp7, fae, MexAM1_META1p1766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q775D7, UniProt: Q9FA38, 5,6,7,8-tetrahydromethanopterin hydro-lyase
#3: RNA鎖 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR / DGR RNA TR


分子量: 11383.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
#4: RNA鎖 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp / DGR RNA Sp


分子量: 45041.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bordetella phage BPP-1 (ファージ) / 参照: GenBank: 41179361
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Diversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse transcriptase with dCpCpp
タイプ: COMPLEX
詳細: Avd protein contains Methylobacterium extorquens AM1 Fae protein at its C-terminus
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.173 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
175 mMPottasium ChlorideKCl1
230 mMAmmonium sulfate(NH4)2SO41
32 mMDithiothreitolDTT1
43 mMMagnesium ChlorideMgCl21
550 mMTrizma baseTris1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6763

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2cryoSPARC粒子像選択
3Topaz粒子像選択
4Gautomatch粒子像選択
5SerialEM画像取得
7GctfCTF補正
8CTFFINDCTF補正
11Cootモデルフィッティング
15cryoSPARC分類
16cryoSPARC3.1.1３次元再構成
17CCP4 packageモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109161 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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