PDB-8ub6: Crystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ub6

タイトル

Crystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent Protein, LEA H62X, containing 3-methylhistidine at position 62

要素

LEAST EVOLVED ANCESTOR (LEA) GFP-LIKE PROTEINS

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / BETA BARREL

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Henderson, J.N. / Mills, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2023
タイトル: Capturing excited-state structural snapshots of evolutionary green-to-red photochromic fluorescent proteins.
著者: Krueger, T.D. / Henderson, J.N. / Breen, I.L. / Zhu, L. / Wachter, R.M. / Mills, J.H. / Fang, C.

履歴

登録	2023年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ub6.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ub6.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ub6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ub6_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ub6_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	8ub6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8ub6_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/8ub6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/8ub6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8thsC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LEAST EVOLVED ANCESTOR (LEA) GFP-LIKE PROTEINS

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LEAST EVOLVED ANCESTOR (LEA) GFP-LIKE PROTEINS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.778, 76.733, 120.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-366- HOH
2	1	A-370- HOH

#1: タンパク質	LEAST EVOLVED ANCESTOR (LEA) GFP-LIKE PROTEINS 分子量: 26525.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 ratio of well solution (25% PEG + 0.2 M MgCl2) and protein solution (LEA H62X at 15 mg/mL in 10 mM HEPES pH 7.5 + 75 mM NaCl).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→43.59 Å / Num. obs: 24128 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 209736
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 3.987 / Num. measured all: 10899 / Num. unique obs: 1279 / CC_1/2: 0.367 / R_pim(I) all: 1.425 / R_rim(I) all: 4.242 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→39.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 9.787 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23983	1277	5.3 %	RANDOM
R_work	0.20936	-	-	-
obs	0.21101	22846	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→39.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1698	0	0	82	1780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.656	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.307	1.579	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.991	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.396	22.527	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.114	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.218	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.969	2.516	857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.969	2.515	856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.409	3.766	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.408	3.767	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.196	2.649	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.195	2.65	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.856	3.926	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.608	29.16	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.583	28.913	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.527	95	-
R_work	0.507	1685	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5547	0.5473	-5.2849	2.6762	-1.6354	12.1473	0.0001	-0.1794	-0.3411	0.3561	0.1687	0.031	0.6073	-0.1269	-0.1688	0.2173	0.0197	-0.0059	0.1164	0.0818	0.2123	2.3438	12.4257	14.1009
2	10.21	-2.6919	-6.4683	0.9467	1.6523	6.2161	0.1428	-0.0038	-0.3897	0.2168	-0.0501	0.0125	0.0163	-0.1347	-0.0928	0.3694	-0.0108	-0.051	0.1704	0.0881	0.189	-0.4494	19.0579	27.7632
3	2.9633	0.5751	-1.8775	2.9617	-0.1548	3.4446	-0.0072	-0.1532	-0.2238	0.8107	0.1343	0.0147	0.1801	-0.1107	-0.1271	0.3163	0.0588	0.0017	0.1443	0.0842	0.07	1.5814	20.6904	16.8378
4	3.1213	0.6085	-0.8881	4.1978	0.2291	4.29	-0.2887	-0.078	-0.3618	0.4367	0.2428	0.3041	0.446	-0.368	0.0459	0.125	0.027	0.074	0.1129	0.0535	0.0816	-3.6058	23.786	10.1052
5	5.2719	2.9606	-4.684	4.8728	-3.8181	8.1559	-0.0728	-0.1495	-0.3755	0.2901	0.183	0.3037	0.5813	-0.1702	-0.1102	0.1704	0.0129	0.0302	0.083	0.0685	0.1535	-1.6217	16.0088	10.6924
6	5.5143	-3.6575	0.7842	8.1912	-1.2161	4.4133	-0.6021	-0.0303	-0.1669	1.0031	0.3414	-0.9226	0.2578	0.8603	0.2607	0.1772	0.1113	-0.0764	0.242	-0.018	0.1969	12.4487	29.1294	10.4165
7	13.4537	-1.3296	-0.3528	3.8063	-0.2407	1.0499	-0.1041	0.2666	-0.1564	0.4482	0.0747	0.3681	0.1359	-0.1135	0.0294	0.1478	0.0357	0.045	0.1472	0.0068	0.0397	-3.4022	32.2514	12.7013
8	3.3354	0.4502	-1.2912	4.9181	-0.1223	3.2846	-0.266	-0.0515	0.003	0.4656	0.2488	0.3563	0.197	-0.3407	0.0172	0.143	0.0596	0.054	0.1081	0.0339	0.0326	-3.4407	29.3331	12.7289
9	13.1506	-7.7944	0.6003	6.9134	-0.2982	1.8818	-0.4227	-0.6278	0.1514	1.1455	0.3695	-0.5822	0.0608	0.0636	0.0532	0.4331	0.0463	-0.1346	0.1149	0.038	0.1677	5.8045	25.9459	20.3037
10	9.1167	-6.8747	-2.9031	7.4663	2.2574	1.8445	-0.239	-0.5027	-0.3338	0.9605	0.1808	-0.0589	0.0804	0.106	0.0582	0.3909	0.0519	-0.0405	0.1798	0.0865	0.1042	5.2282	24.3915	22.5336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	104 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	127 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	146 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	164 - 187
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	188 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	204 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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