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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uat | ||||||
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タイトル | Thermus scotoductus SA-01 Ene-reductase Compound 3b Complex | ||||||
![]() | NADPH dehydrogenase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / Oxidoreductase / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilson, L.A. / Guddat, L.W. / Schenk, G. / Scott, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Enzymatic Interactions with Functional Nicotinamide Cofactor Biomimetics 著者: Rocha, R.A. / Wilson, L.A. / Schwartz, B.D. / Warden, A.C. / Guddat, L.W. / Speight, R.E. / Malins, L. / Schenk, G. / Scott, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1012.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 839.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 106.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 139.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8uajC ![]() 8uarC ![]() 8uasC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 BCDEFGHA
#1: タンパク質 | 分子量: 40197.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 700910 / SA-01 / 遺伝子: TSC_p800090 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 247分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-W3X / 分子量: 244.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5, containing 10% w/v PEG10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95374 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→48.75 Å / Num. obs: 86497 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / CC1/2: 0.956 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rpim(I) all: 0.179 / Rrim(I) all: 0.287 / Χ2: 0.4 / Net I/σ(I): 2.8 / Num. measured all: 201370 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / % possible obs: 53.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.234 / Num. measured all: 5252 / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.164 / Rpim(I) all: 1.024 / Rrim(I) all: 1.614 / Χ2: 0.23 / Net I/σ(I) obs: 0.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.76→48.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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