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- PDB-8uai: Crystal structure of hetero hexameric hazelnut allergen Cor a 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uai
タイトルCrystal structure of hetero hexameric hazelnut allergen Cor a 9
要素(11S globulin ...) x 3
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / food allergen (食物アレルギー) / 11S / seed storage protein / iso-allergen / heterohexamers
機能・相同性
機能・相同性情報


seed development / nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
11S globulin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corylus avellana (セイヨウハシバミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Guo, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA) 米国
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of hetero hexameric 11S seed storage protein of hazelnut.
著者: Guo, F. / Zhang, Y. / Howard, A. / Xu, Y.
履歴
登録2023年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11S globulin 1
B: 11S globulin 2
C: 11S globulin 3
D: 11S globulin 1
E: 11S globulin 2
F: 11S globulin 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,49424
ポリマ－338,9496
非ポリマー1,54418
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58850 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area67570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.168, 91.093, 74.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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11S globulin ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 11S globulin 1


分子量: 56750.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corylus avellana (セイヨウハシバミ)
参照: UniProt: Q8W1C2
#2: タンパク質 11S globulin 2


分子量: 56479.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corylus avellana (セイヨウハシバミ)
#3: タンパク質 11S globulin 3


分子量: 56245.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corylus avellana (セイヨウハシバミ)

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非ポリマー , 3種, 635分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein drops: 5 mM Tris pH 8.0, 0.M M NaCl. Well solution: 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 142012 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 31.73 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 7049 / CC1/2: 0.725 / CC star: 0.917 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.661 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v722データ削減
HKL-2000v722データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→45.8 Å / SU ML: 0.2017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6977
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 7119 5.01 %
Rwork0.1736 134847 -
obs0.176 141966 92.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19136 0 98 617 19851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008320001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.986927098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06512925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00953688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.86922839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.940.3128980.22161961X-RAY DIFFRACTION40.41
1.94-1.960.29192200.23274370X-RAY DIFFRACTION89.84
1.96-1.990.29452410.22924469X-RAY DIFFRACTION93.56
1.99-2.010.30042390.22394503X-RAY DIFFRACTION93.07
2.01-2.040.24372520.20494519X-RAY DIFFRACTION93.86
2.04-2.070.27612490.20024508X-RAY DIFFRACTION93.02
2.07-2.10.26332860.20424452X-RAY DIFFRACTION93.58
2.1-2.130.26062220.19614522X-RAY DIFFRACTION93.35
2.13-2.160.30431760.19964635X-RAY DIFFRACTION94.22
2.16-2.20.25112500.18914509X-RAY DIFFRACTION93.63
2.2-2.230.27042700.19384529X-RAY DIFFRACTION94.38
2.23-2.270.25352360.18744605X-RAY DIFFRACTION94.18
2.27-2.320.23842340.18434574X-RAY DIFFRACTION95.13
2.32-2.360.26582730.18854556X-RAY DIFFRACTION94.5
2.36-2.420.26442470.18744606X-RAY DIFFRACTION94.8
2.42-2.470.2652290.19014660X-RAY DIFFRACTION96.16
2.47-2.530.25362380.19564668X-RAY DIFFRACTION95.78
2.53-2.60.26012250.19084696X-RAY DIFFRACTION96.13
2.6-2.680.24592540.19174658X-RAY DIFFRACTION96.16
2.68-2.770.2312250.1894684X-RAY DIFFRACTION96.6
2.77-2.860.2392780.18584674X-RAY DIFFRACTION96.96
2.86-2.980.27032440.19014731X-RAY DIFFRACTION97.22
2.98-3.110.22812210.18164764X-RAY DIFFRACTION96.97
3.11-3.280.22312230.17414726X-RAY DIFFRACTION96.87
3.28-3.480.23492650.16644650X-RAY DIFFRACTION96.17
3.48-3.750.20522350.15644663X-RAY DIFFRACTION95.44
3.75-4.130.16722530.1464627X-RAY DIFFRACTION95.09
4.13-4.730.17392350.13624565X-RAY DIFFRACTION92.81
4.73-5.950.18962630.15654510X-RAY DIFFRACTION92.45
5.96-45.80.18862380.17664253X-RAY DIFFRACTION85.12
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.8702297669 Å / Origin y: 2.82267561556 Å / Origin z: 17.9769695564 Å
111213212223313233
T0.194184139553 Å2-0.000522107895468 Å2-0.00700378492928 Å2-0.190769269457 Å20.00305624271796 Å2--0.182334111234 Å2
L0.346333134134 °2-0.0430176179538 °20.0371153972373 °2-0.286320037166 °2-0.00287754664736 °2--0.162226874216 °2
S0.00649099938651 Å °0.00486427429311 Å °0.0352708601524 Å °-0.00291007549863 Å °-0.00277338676719 Å °-0.026051912978 Å °-0.0102652363095 Å °0.0111486578782 Å °-0.00259226704353 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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