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- PDB-8uac: CATHEPSIN L IN COMPLEX WITH AC1115 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uac
タイトルCATHEPSIN L IN COMPLEX WITH AC1115
要素Cathepsin L
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Viral Entry / Cysteine Protease / Protein Catabolism / Inflammation / Covid-19 / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / zymogen activation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / antigen processing and presentation / protein autoprocessing / Collagen degradation / fibronectin binding / collagen catabolic process / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / endocytic vesicle lumen / Attachment and Entry / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / histone binding / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / lysosome / Attachment and Entry / immune response / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chao, A. / DuPrez, K.T. / Han, F.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Med / 年: 2024
タイトル: Olgotrelvir, a dual inhibitor of SARS-CoV-2 M pro and cathepsin L, as a standalone antiviral oral intervention candidate for COVID-19.
著者: Mao, L. / Shaabani, N. / Zhang, X. / Jin, C. / Xu, W. / Argent, C. / Kushnareva, Y. / Powers, C. / Stegman, K. / Liu, J. / Xie, H. / Xu, C. / Bao, Y. / Xu, L. / Zhang, Y. / Yang, H. / Qian, S. ...著者: Mao, L. / Shaabani, N. / Zhang, X. / Jin, C. / Xu, W. / Argent, C. / Kushnareva, Y. / Powers, C. / Stegman, K. / Liu, J. / Xie, H. / Xu, C. / Bao, Y. / Xu, L. / Zhang, Y. / Yang, H. / Qian, S. / Hu, Y. / Shao, J. / Zhang, C. / Li, T. / Li, Y. / Liu, N. / Lin, Z. / Wang, S. / Wang, C. / Shen, W. / Lin, Y. / Shu, D. / Zhu, Z. / Kotoi, O. / Kerwin, L. / Han, Q. / Chumakova, L. / Teijaro, J. / Royal, M. / Brunswick, M. / Allen, R. / Ji, H. / Lu, H. / Xu, X.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin L
B: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2124
ポリマ－48,3832
非ポリマー8292
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.880, 76.460, 102.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin L


分子量: 24191.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P07711
#2: 化合物 ChemComp-W28 / N-[(2S)-1-({(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1H-indole-2-carboxamide


分子量: 414.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M NaAc, pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→61.32 Å / Num. obs: 71556 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3493 / CC1/2: 0.614 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Blu-Iceデータ収集
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→51.418 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 3472 4.851 %RANDOM
Rwork0.2069 68094 --
all0.208 ---
obs-68094 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.092 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.741 Å20 Å2
3---0.833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 60 301 3673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0163112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.6654728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.841.5827200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0015437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.4958.7516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg6.83654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53710535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg10.173102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.32310158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2110.22997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1830.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7221.7631724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7191.7631724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5183.1572151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5183.1582152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4582.0551760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4582.0541760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7783.6472571
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7773.6472572
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.1323.084099
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.13321.0864034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.4-1.4360.2572580.27550010.27452870.9580.95299.47040.259
1.436-1.4760.2632490.25648080.25750810.9580.9699.52760.235
1.476-1.5180.3052080.24347290.24549690.9440.96399.3560.219
1.518-1.5650.282330.25246040.25348750.9480.96399.22050.223
1.565-1.6160.2882210.23644260.23946650.9540.96599.61420.206
1.616-1.6730.2572360.20843000.21145490.9590.97399.71420.183
1.673-1.7360.2681920.21841960.2244070.9550.96999.56890.19
1.736-1.8070.2541970.20940130.21142320.9610.97299.48010.18
1.807-1.8870.2772070.21438340.21740700.9560.97399.28750.189
1.887-1.9790.2751620.22137230.22339160.9540.9799.20840.196
1.979-2.0860.251830.21335190.21537090.9620.97399.81130.197
2.086-2.2120.231740.20733100.20834980.9690.97599.59980.195
2.212-2.3650.2531800.19731010.20133020.9620.97799.3640.189
2.365-2.5540.2391740.19329270.19631360.9650.97798.88390.19
2.554-2.7970.2061360.19326660.19328430.9750.97898.55790.195
2.797-3.1260.2541370.18724670.19126130.9660.97899.65560.201
3.126-3.6070.1921010.18422110.18423130.9790.97899.95680.206
3.607-4.4120.1961040.17718730.17819870.9730.9899.49670.209
4.412-6.2170.23780.21814660.21915610.9690.97398.91090.254
6.217-51.4180.271420.2579010.2579430.950.9571000.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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