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万見
- PDB-8ua7: Medusavirus Nucleosome Core Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ua7
タイトルMedusavirus Nucleosome Core Particle
要素
  • (WIDOM 601 DNA strand ...) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Protein Complex / Nucleosome / Giant Virus / NCLDV / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Medusavirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Toner, C.M. / Hoitsma, N.M. / Weerawarana, S. / Luger, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Characterization of Medusavirus encoded histones reveals nucleosome-like structures and a unique linker histone.
著者: Chelsea M Toner / Nicole M Hoitsma / Sashi Weerawarana / Karolin Luger /
要旨: The organization of DNA into nucleosomes is a ubiquitous and ancestral feature that was once thought to be exclusive to the eukaryotic domain of life. Intriguingly, several representatives of the ...The organization of DNA into nucleosomes is a ubiquitous and ancestral feature that was once thought to be exclusive to the eukaryotic domain of life. Intriguingly, several representatives of the Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV) encode histone-like proteins that in Melbournevirus were shown to form nucleosome-like particles. Medusavirus medusae (MM), a distantly related giant virus, encodes all four core histone proteins and, unique amongst most giant viruses, a putative acidic protein with two domains resembling eukaryotic linker histone H1. Here, we report the structure of nucleosomes assembled with MM histones and highlight similarities and differences with eukaryotic and Melbournevirus nucleosomes. Our structure provides insight into how variations in histone tail and loop lengths are accommodated within the context of the nucleosome. We show that MM-histones assemble into tri-nucleosome arrays, and that the putative linker histone H1 does not function in chromatin compaction. These findings expand our limited understanding of chromatin organization by virus-encoded histones.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: WIDOM 601 DNA strand 1
J: WIDOM 601 DNA strand 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,17910
ポリマ－303,17910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 21766.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Medusavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 14043.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Medusavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 28382.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Medusavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 24104.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Medusavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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WIDOM 601 DNA strand ... , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 WIDOM 601 DNA strand 1


分子量: 63576.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 WIDOM 601 DNA strand 2


分子量: 63007.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Medusavirus Nucleosome Core ParticleCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Histone ComplexCOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3WIDOM 601 DNACOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Medusavirus (ウイルス)3044760
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMTris-Hydrochloric acid1
35 mMDithiothreitol1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159734 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312119
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61717442
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.8163690
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0342005
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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