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- PDB-8u9x: STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u9x
タイトルSTRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases II subunit ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • MOL_ID: 13
  • MOL_ID: 14
キーワードTRANSCRIPTION / Multiprotein complex / Molecular machine / Free-electron laser / trigger loop
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...: / : / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily ...DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RPB4 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RPB4 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RPB11 isoform 1 / RPB10 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Arjunan, P. / Calero, G. / Kaplan, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM112686, R01 GM097260 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Structural basis of transcription: RNA polymerase II substrate binding and metal coordination using a free-electron laser.
著者: Lin, G. / Barnes, C.O. / Weiss, S. / Dutagaci, B. / Qiu, C. / Feig, M. / Song, J. / Lyubimov, A. / Cohen, A.E. / Kaplan, C.D. / Calero, G.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4
R: MOL_ID: 13
T: MOL_ID: 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,60927
ポリマ－521,32214
非ポリマー1,28713
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.167, 392.604, 280.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ACDGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 191817.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0Z3
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTI6
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q270
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9EWC2
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7A1

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 EFH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES II SUBUNIT RPB5 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q456
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB6 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB8 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8C2

-
DNA-directed RNA polymerases II subunit ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB10 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7Q6
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB12 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PY05

-
タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 BRT

#13: RNA鎖 MOL_ID: 13


分子量: 3280.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*G)-3') / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 MOL_ID: 14


分子量: 3887.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*A)-3')
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4H2, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 137分子

#15: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#16: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#18: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 10-15 % tacsimate 100mM Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.30186 Å
検出器タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.30186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→24.96 Å / Num. obs: 239284 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.82 % / CC1/2: 0.75 / Rmerge(I) obs: 0.67 / Net I/σ(I): 4.91
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 11337 / CC1/2: 0.2
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
cctbx.xfelデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→18 Å / SU ML: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 6860 3.07 %
Rwork0.283 --
obs0.2838 223774 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30236 477 48 124 30885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01131348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55442419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4034362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0834784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0195395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.080.43692210.42046666X-RAY DIFFRACTION92
3.08-3.120.42981870.40756760X-RAY DIFFRACTION92
3.12-3.160.39962280.40146820X-RAY DIFFRACTION93
3.16-3.20.40691880.4066849X-RAY DIFFRACTION94
3.2-3.240.40252160.39826976X-RAY DIFFRACTION95
3.24-3.280.40342510.39156891X-RAY DIFFRACTION94
3.28-3.330.37842170.37297055X-RAY DIFFRACTION96
3.33-3.380.37832180.38017081X-RAY DIFFRACTION97
3.38-3.430.37752180.36797183X-RAY DIFFRACTION98
3.43-3.490.36322110.3637195X-RAY DIFFRACTION98
3.49-3.550.36922470.36137233X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.610.36182230.36737325X-RAY DIFFRACTION99
3.61-3.680.39282250.36347323X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.760.40762530.35427287X-RAY DIFFRACTION99
3.76-3.840.35452400.34457331X-RAY DIFFRACTION100
3.84-3.920.33542410.33087294X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.020.35232210.33387340X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.130.35852510.3237310X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.250.31382380.30597368X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.380.35972200.30187345X-RAY DIFFRACTION100
4.38-4.540.30862390.28717326X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.720.34442170.2767354X-RAY DIFFRACTION100
4.72-4.930.29242330.2667388X-RAY DIFFRACTION100
4.93-5.180.29992140.25937392X-RAY DIFFRACTION100
5.18-5.50.27842470.25987401X-RAY DIFFRACTION100
5.5-5.910.29852480.2537391X-RAY DIFFRACTION100
5.91-6.480.2592310.2477429X-RAY DIFFRACTION100
6.48-7.360.26532750.23137416X-RAY DIFFRACTION100
7.36-9.070.22312240.19847515X-RAY DIFFRACTION100
9.07-180.23472180.21957670X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 107.7646 Å / Origin y: 51.3566 Å / Origin z: -1.3053 Å
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T0.4741 Å20.0345 Å20.0502 Å2-0.5038 Å20.0518 Å2--0.5193 Å2
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S0.04 Å °0.0012 Å °0.2446 Å °0.0953 Å °-0.0331 Å °0.0936 Å °-0.1088 Å °-0.0208 Å °0.0042 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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