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- PDB-8u9o: Solution structure of RsgI9 CRE domain from C. thermocellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u9o
タイトルSolution structure of RsgI9 CRE domain from C. thermocellum
要素(Anti-sigma-I factor RsgI9) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / RsgI / Cellulosome / Anti-sigma factor / auto-proteolysis
機能・相同性Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Peptidase S1C / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / Peptidase S1, PA clan / plasma membrane / Anti-sigma-I factor RsgI9
機能・相同性情報
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Takayesu, A. / Mahoney, B.J. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: Insight into the autoproteolysis mechanism of the RsgI9 anti-sigma factor from Clostridium thermocellum.
著者: Takayesu, A. / Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Jessup, T. / Ogorzalek Loo, R.R. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2023年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma-I factor RsgI9
B: Anti-sigma-I factor RsgI9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0382
ポリマ－20,0382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, NMR relaxation parameters consistent with intact monomer, gel filtration, Single peak in chromatogram corresponding to both fragments of autoproteolyzed sample
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Anti-sigma-I factor RsgI9


分子量: 2376.539 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 167-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: rsgI9, Cthe_0260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC20
#2: タンパク質 Anti-sigma-I factor RsgI9


分子量: 17661.021 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 189-343 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: rsgI9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC20

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N TROSY
222isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
232isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
242isotropic22D 1H-1H TOCSY
252isotropic22D 1H-1H COSY
161isotropic23D HNCO
171isotropic23D HN(CA)CO
181isotropic23D HNCA
191isotropic23D HN(COCA)CB
1101isotropic23D HN(CA)CB
2112isotropic23D (H)CCH-COSY
1121isotropic23D HNHA
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
2142isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic11H-15N heteronoe

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1200 uM [U-13C; U-15N] RsgI9 CRE, 0.03 % sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 8 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O13C 15N sample, water93% H2O/7% D2O
solution2200 uM [U-13C; U-15N] RsgI9 CRE, 0.03 % sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 100 % [U-2H] d2o, 100% D2O13C 15N sample, D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMRsgI9 CRE[U-13C; U-15N]1
0.03 %sodium azidenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
8 %D2O[U-2H]1
200 uMRsgI9 CRE[U-13C; U-15N]2
0.03 %sodium azidenatural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
100 %d2o[U-2H]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mM13C 15N sample, water61 atm298 K
2200 mM13C 15N sample, D2O61 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH3.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Xipp1.21.7Daniel S. Garrett, Mengli Cai, and G. Marius Clorechemical shift assignment
Xipp1.21.7Daniel S. Garrett, Mengli Cai, and G. Marius Clorepeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
TALOS-NYang Shen and Ad Baxgeometry optimization
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thornton精密化
UNIOPedro Serrano, Bill Pedrini, Biswaranjan Mohanty, Michael Geralt, Torsten Herrmann, and Kurt Wuthrichpeak picking
NMRFAM-SPARKYWoonghee Lee, Marco Tonelli, and John L. Markleyデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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