PDB-8u9b: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u9b

タイトル

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form)

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB)

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form)
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u9b.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u9b.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u9b_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u9b_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8u9b_validation.xml.gz	168 KB	表示
CIF形式データ	8u9b_validation.cif.gz	246.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9b	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (8)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (7)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

E: Betaine aldehyde dehydrogenase

F: Betaine aldehyde dehydrogenase

G: Betaine aldehyde dehydrogenase

H: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

438 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

G: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

H: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

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109 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

F: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

E: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.270, 161.235, 158.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 8 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A447LC14

-
非ポリマー , 8種, 3551分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#6: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#8: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. ...詳細: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. Puck: PSL-0809, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. PH範囲: '

結晶

マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. ...
PH範囲: '

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.95 Å / Num. obs: 391502 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 2756251
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.153 / Num. measured all: 138429 / Num. unique obs: 19323 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.462 / R_rim(I) all: 1.243 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5057: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→27.39 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	19474	4.98 %
R_work	0.1468	-	-
obs	0.1482	390813	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29689	0	299	3506	33494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	30773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	41759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.325	11305
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	4681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	5483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.2693	672	0.2355	12340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2469	599	0.2258	12384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2464	610	0.2132	12314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.99	0.2427	632	0.2036	12381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2303	650	0.1977	12387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2274	649	0.1931	12277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2141	690	0.1782	12355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2018	629	0.1687	12296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.1947	630	0.1651	12425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.203	637	0.1648	12332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.1953	672	0.1614	12360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.1882	641	0.1585	12352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.1876	662	0.1486	12375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.174	617	0.1455	12368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.1735	638	0.1413	12305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.1792	650	0.1434	12422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.179	673	0.1401	12342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.1817	676	0.1316	12365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.1725	648	0.1342	12361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.1783	662	0.1396	12431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.1854	643	0.14	12370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.1704	666	0.1429	12366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.1788	683	0.1491	12365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.1809	702	0.1514	12375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.1914	646	0.1515	12419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.1597	631	0.1364	12426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1493	664	0.125	12399	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1186	646	0.1057	12458	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.88	0.1309	608	0.1229	12548	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-27.39	0.174	648	0.1653	12441	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1672	-0.7266	-0.0908	1.0515	0.1456	0.1557	0.0809	0.172	0.2496	-0.1749	-0.0667	-0.0698	-0.0873	0.0215	0.0023	0.2169	-0.0021	0.0144	0.1843	0.0908	0.264	53.5368	-18.9203	2.2393
2	6.5886	2.9644	-4.9794	1.4407	-2.4922	4.1126	-0.366	0.4847	-0.356	-0.3344	0.1285	-0.1399	0.3531	-0.2013	0.3679	0.2699	0.0087	0.012	0.2871	0.0157	0.2631	46.7113	-34.1583	-2.9965
3	1.7427	-0.0503	-0.1693	1.3709	-0.1756	1.0832	0.0549	0.1622	0.31	-0.1581	-0.0154	0.1355	-0.0739	-0.205	-0.0459	0.1519	0.032	-0.024	0.2104	0.0697	0.2733	23.4835	-26.1373	9.6475
4	1.1311	-0.2033	-0.2699	0.1802	-0.0217	0.2184	-0.009	0.0827	0.0208	-0.0209	0.0092	0.0116	0.0362	-0.033	0.0032	0.1924	-0.003	-0.0237	0.1762	0.0301	0.1848	44.5442	-41.1341	11.9058
5	1.7157	0.1461	-0.0163	0.934	0.1843	1.4811	0.0092	-0.2313	0.2379	0.2555	0.0289	0.0252	-0.2391	0.0512	0.0073	0.2734	-0.0034	0.0121	0.1421	-0.0815	0.2232	37.623	-14.2751	-39.9296
6	1.0876	0.4644	-0.1045	0.7772	-0.1221	0.3743	0.0075	-0.1247	0.136	0.0811	0.0195	-0.0365	-0.0903	0.0343	-0.0345	0.1784	0.0011	0.0017	0.1701	-0.0528	0.1846	37.2797	-23.43	-46.5586
7	6.9256	-2.3423	-3.7178	0.8419	1.365	2.0062	-0.3631	-0.5341	-0.3152	0.2546	0.1668	0.0821	0.2719	0.2502	0.2878	0.2806	0.0071	0.0198	0.275	-0.0049	0.2363	44.7819	-34.9105	-38.7157
8	1.6127	0.2017	-0.274	1.4477	0.0504	0.9886	0.0894	-0.3368	0.2876	0.1693	-0.0101	-0.118	-0.0941	0.3732	-0.0818	0.1732	-0.055	-0.008	0.3429	-0.1059	0.2598	67.8667	-26.5987	-51.285
9	1.4584	0.2182	-0.4096	0.213	-0.0368	0.4543	0.002	-0.1391	-0.0491	0.0224	0.0024	-0.0319	0.0464	0.1198	0.0021	0.1805	0.0126	-0.0163	0.18	-0.0175	0.1499	46.8826	-41.6753	-53.6679
10	2.2807	-0.2529	-0.5077	0.4924	0.4475	1.2967	0.0269	-0.2868	0.3531	0.0189	0.0054	-0.0014	-0.2553	0.1544	-0.0424	0.2837	-0.0427	-0.0526	0.2189	-0.0114	0.2531	78.8064	-12.0122	47.0093
11	2.9762	0.4879	0.3279	1.3182	-0.6862	3.1541	0.0366	-0.1091	0.1852	0.0808	0.0236	0.1046	-0.0178	-0.2698	-0.1043	0.1553	0.025	0.0001	0.1009	-0.0301	0.2496	60.7278	-20.681	35.6466
12	1.173	0.8332	-0.0372	0.6324	-0.0978	0.2378	0.0004	-0.031	0.0404	0.0139	-0.0123	-0.0264	-0.056	0.0433	0.0085	0.1807	0.0015	-0.0154	0.1734	0.0146	0.2372	70.2227	-26.0692	31.5831
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精密化 TLSグループ

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6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 82 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 217 through 262 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 263 through 390 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 391 through 490 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -4 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 44 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 82 through 184 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 185 through 216 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 217 through 262 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 263 through 293 )
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 391 through 490 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 2 through 81 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 82 through 293 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 294 through 390 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 391 through 490 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 3 through 43 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 44 through 81 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 82 through 293 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 294 through 390 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 391 through 490 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 2 through 43 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 44 through 81 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 82 through 184 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 185 through 216 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 217 through 262 )
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 391 through 490 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 3 through 43 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 44 through 81 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 82 through 184 )
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 217 through 262 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 263 through 293 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 294 through 390 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 391 through 490 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 3 through 106 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 107 through 262 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 263 through 390 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 391 through 490 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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