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Yorodumi- PDB-8u9b: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8u9b | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form) | |||||||||
Components | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationbetaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form) Authors: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8u9b.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8u9b.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8u9b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8u9b_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8u9b_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 8u9b_validation.xml.gz | 168 KB | Display | |
| Data in CIF | 8u9b_validation.cif.gz | 246.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9b | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 54062.281 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: V62A, Q485P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria)Gene: betB_3 / Plasmid: KlaeA.00020.b.B1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 3551 molecules 














| #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-PG4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-MLI / #6: Chemical | ChemComp-B3P / #7: Chemical | ChemComp-FLC / | #8: Chemical | ChemComp-EPE / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.16 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. ...Details: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. Puck: PSL-0809, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. PH range: ' |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→47.95 Å / Num. obs: 391502 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 2756251 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Num. measured all: 138429 / Num. unique obs: 19323 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 1.243 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→27.39 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.73 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→27.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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