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- PDB-8u9b: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u9b | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form) | |||||||||
![]() | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) | |||||||||
Function / homology | ![]() betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form) Authors: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 168 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 246.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 54062.281 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: V62A, Q485P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: betB_3 / Plasmid: KlaeA.00020.b.B1 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 3551 molecules 














#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-PG4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-MLI / #6: Chemical | ChemComp-B3P / #7: Chemical | ChemComp-FLC / | #8: Chemical | ChemComp-EPE / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. ...Details: Berkeley C11: 20% (w/v) PEG 3350, 60 mM Bis-Tris Propane, 40 mM Citric Acid pH 6.4, 100 mM Sodium malonate dibasic pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13124, well C11 drop 1. Puck: PSL-0809, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. PH range: ' |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→47.95 Å / Num. obs: 391502 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 2756251 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Num. measured all: 138429 / Num. unique obs: 19323 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 1.243 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→27.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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