PDB-8u9a: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u9a

タイトル

Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (DBH bound)

要素

2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (DBH bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u9a.cif.gz	183.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u9a.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u9a_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u9a_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8u9a_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	8u9a_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.542, 111.087, 57.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase 分子量: 27572.984 Da / 分子数: 2 / 変異: A2N, A3G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_13665 / プラスミド: KlaeA.01365.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FXS4
#2: 化合物	ChemComp-DBH / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / 2,3-ジヒドロキシ安息香酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1 month soak in 50 mM SODIUM 2,3-DIHYDROXYLBENZOATE (pH 7.0), KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate liu-s-077 drop C1, Puck: PSL-1315, Cryo: 2.5M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→111.09 Å / Num. obs: 64070 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 864646
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 79.7 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 2.001 / Num. measured all: 55426 / Num. unique obs: 4087 / CC_1/2: 0.629 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 2.077 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5057: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→25.04 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	3192	4.99 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1623	63949	90.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3170	0	36	274	3480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	4543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.741	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3425	109	0.3006	1895	X-RAY DIFFRACTION	67
1.52-1.55	0.2885	148	0.2591	2795	X-RAY DIFFRACTION	97
1.55-1.57	0.298	147	0.2261	2800	X-RAY DIFFRACTION	97
1.57-1.6	0.2626	138	0.2202	2791	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6-1.63	0.2546	150	0.2118	2811	X-RAY DIFFRACTION	98
1.63-1.66	0.2487	146	0.2074	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
1.66-1.69	0.2288	127	0.1997	2835	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.73	0.2245	114	0.2071	2120	X-RAY DIFFRACTION	74
1.73-1.77	0.2284	153	0.1924	2825	X-RAY DIFFRACTION	98
1.77-1.81	0.2401	154	0.1822	2835	X-RAY DIFFRACTION	97
1.81-1.86	0.1998	157	0.1735	2815	X-RAY DIFFRACTION	98
1.86-1.92	0.2104	93	0.1746	1626	X-RAY DIFFRACTION	57
1.92-1.98	0.2154	114	0.1582	2293	X-RAY DIFFRACTION	79
1.98-2.05	0.1866	127	0.157	2857	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.13	0.1935	123	0.1574	2361	X-RAY DIFFRACTION	81
2.13-2.23	0.1831	168	0.1436	2842	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.35	0.1593	128	0.1448	2461	X-RAY DIFFRACTION	85
2.35-2.49	0.1567	158	0.1402	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.69	0.157	132	0.1404	2604	X-RAY DIFFRACTION	89
2.69-2.96	0.1943	152	0.1586	2920	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.38	0.171	145	0.1566	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-4.26	0.1492	140	0.1379	2493	X-RAY DIFFRACTION	84
4.26-25.04	0.1977	169	0.1679	3103	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4771	-1.3033	0.1255	3.0862	-0.1376	1.9795	0.0599	0.1042	-0.2551	-0.092	-0.0548	0.1265	0.1445	-0.1513	0.0089	0.1972	-0.0566	0.0039	0.136	0.0004	0.1899	12.2122	-24.6606	16.3409
2	0.7986	-0.308	0.4177	3.2939	-2.3165	3.6671	0.0257	-0.0287	-0.0319	-0.0274	0.0562	0.0858	0.0806	-0.0915	-0.091	0.1376	-0.022	0.0005	0.1436	-0.0072	0.1506	16.9302	-9.7072	16.1987
3	3.0093	1.1572	-1.9455	3.4353	-1.1105	3.916	-0.0701	0.1921	-0.129	-0.2059	-0.0464	-0.194	0.2053	-0.0108	0.1046	0.1481	0.0181	-0.0074	0.1783	-0.0107	0.223	29.8142	-16.1219	11.3492
4	4.0567	1.3506	1.1545	3.5819	0.6019	2.6081	0.0265	-0.2159	0.3005	0.0287	-0.1104	0.1534	-0.2143	-0.2341	0.0253	0.18	0.0677	0.0095	0.1418	-0.0152	0.1502	13.0174	24.5036	14.5867
5	6.5607	1.9154	-0.4721	7.0203	-2.2732	6.7433	-0.1157	0.695	0.0996	-0.5054	0.1323	0.2874	-0.0628	-0.9134	-0.0077	0.2175	0.0831	-0.0162	0.4145	0.0224	0.2662	3.0647	18.2966	4.3369
6	1.3693	2.3437	-2.2952	8.7767	-6.3784	7.159	0.0238	-0.0039	0.0712	0.2711	0.1872	0.3289	-0.1125	-0.3003	-0.3031	0.1531	0.0451	0.0153	0.2226	-0.005	0.1935	11.937	7.0376	18.7855
7	0.7945	0.1277	-0.3442	2.5177	-1.5824	2.7067	0.0004	0.0164	0.0426	-0.0334	-0.0117	-0.0403	-0.0705	-0.0177	0.0151	0.1513	0.0079	0.0129	0.1486	0.0047	0.1719	18.854	9.1357	9.1746
8	4.0611	-0.7493	0.4631	3.5577	-0.2709	1.3953	-0.0561	-0.67	0.1127	0.683	-0.0384	-0.2468	-0.1154	0.294	0.067	0.2449	-0.0163	-0.0292	0.2522	-0.0061	0.1863	27.2705	14.1458	19.876
9	1.5595	-0.6402	0.5818	3.087	-1.159	4.6054	0.0083	-0.0119	0.0875	0.0479	-0.1187	-0.1517	-0.156	0.0583	0.1221	0.1237	-0.0244	-0.0066	0.1664	-0.001	0.197	29.502	16.4205	15.3431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 169 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 59 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 108 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 169 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 218 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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