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- PDB-8u9a: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u9a | |||||||||
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Title | Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (DBH bound) | |||||||||
![]() | 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase | |||||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
Function / homology | ![]() 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (DBH bound) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 183.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27572.984 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A2N, A3G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: EAE_13665 / Plasmid: KlaeA.01365.a.B1 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 1.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1 month soak in 50 mM SODIUM 2,3-DIHYDROXYLBENZOATE (pH 7.0), KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate liu-s-077 drop C1, Puck: PSL- ...Details: 1.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1 month soak in 50 mM SODIUM 2,3-DIHYDROXYLBENZOATE (pH 7.0), KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate liu-s-077 drop C1, Puck: PSL-1315, Cryo: 2.5M Li2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2023 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→111.09 Å / Num. obs: 64070 / % possible obs: 91 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 864646 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 79.7 % / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.001 / Num. measured all: 55426 / Num. unique obs: 4087 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.551 / Rrim(I) all: 2.077 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 1.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→25.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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