PDB-8u99: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u99

タイトル

Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (PLP-Serine adduct)

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (PLP-Serine adduct)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u99.cif.gz	326.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u99.ent.gz	263.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u99_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u99_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8u99_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	8u99_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.814, 131.172, 82.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-654- HOH
2	1	A-684- HOH
3	1	B-588- HOH
4	1	B-666- HOH
5	1	B-670- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

#1: タンパク質

Cystathionine beta-lyase

分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

-
非ポリマー , 5種, 592分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, 2mM PLP and serine added to the protein prior to ...詳細: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, 2mM PLP and serine added to the protein prior to crystallization, KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate 13534 well B12 drop 3, Puck: PSL-0907, Cryo: Direct

結晶

マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, 2mM PLP and serine added to the protein prior to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月6日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→80.24 Å / Num. obs: 81645 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 367351
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.001 / Num. measured all: 26257 / Num. unique obs: 5901 / CC_1/2: 0.557 / R_pim(I) all: 0.533 / R_rim(I) all: 1.138 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5057: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.06 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	4044	4.96 %
R_work	0.1656	-	-
obs	0.1677	81612	97.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5991	0	63	583	6637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	8636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.688	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1124

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3326	143	0.2791	2576	X-RAY DIFFRACTION	97
1.82-1.84	0.317	134	0.2784	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.87	0.3211	131	0.2722	2635	X-RAY DIFFRACTION	96
1.87-1.89	0.2884	145	0.2585	2612	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.92	0.2801	142	0.2378	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
1.92-1.94	0.3012	136	0.2286	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.97	0.2638	143	0.2246	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
1.97-2	0.2536	120	0.211	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
2-2.04	0.2426	120	0.2086	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
2.04-2.07	0.2547	153	0.2049	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.07-2.11	0.2569	152	0.2022	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.11-2.15	0.2168	143	0.1993	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.19	0.2615	166	0.1857	2678	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.24	0.2235	149	0.1801	2657	X-RAY DIFFRACTION	97
2.24-2.29	0.2201	125	0.1727	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.35	0.2112	126	0.1695	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.42	0.2189	147	0.157	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
2.42-2.49	0.1924	125	0.158	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.49-2.57	0.2033	156	0.1546	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.57-2.66	0.1964	150	0.156	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.66-2.76	0.2054	124	0.1568	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.76-2.89	0.2208	139	0.1557	2716	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-3.04	0.2122	148	0.1569	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
3.04-3.23	0.2103	123	0.1524	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
3.23-3.48	0.1945	131	0.151	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
3.48-3.83	0.1608	131	0.1374	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
3.83-4.39	0.1636	158	0.1235	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
4.39-5.53	0.1351	150	0.1215	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
5.53-42.06	0.1992	134	0.1573	2765	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.032	0.002	0.0177	0.0049	0.0022	0.0095	0.0974	-0.0293	-0.013	-0.0043	-0.0459	0.0487	0.0484	-0.0924	-0	0.1262	-0.0061	0.0182	0.1317	0.0066	0.1223	27.8926	-9.4606	-4.5835
2	0.1369	0.023	0.1011	0.006	0.0168	0.0759	-0.0233	-0.1766	0.1315	0.0454	-0.0147	0.0117	-0.0766	-0.0989	-0.0755	0.1463	0.0298	0.0366	0.1227	-0.031	0.1427	34.8557	8.6739	12.0197
3	0.0045	-0.0003	-0.015	0.0013	-0.0023	0.017	-0.0109	-0.2269	-0.0213	0.0165	0.0239	-0.006	0.03	-0.0227	0.0344	0.1363	-0.0593	0.0618	0.3177	-0.0099	0.0396	35.4276	-6.2107	27.3377
4	0.0702	-0.0399	0.0238	0.0244	-0.0105	0.0094	-0.0282	-0.2006	0.0264	0.0031	0.0179	-0.0658	-0.001	0	-0.0105	0.1404	-0.0378	0.0262	0.2313	-0.0158	0.0969	50.5041	-3.5987	30.0946
5	2	5.0569	-4.8214	2	-4.6978	2	-0.4761	-0.298	-1.103	0.3687	-0.2977	0.1264	1.075	-1.3711	0.7741	0.1398	0.0343	0.0111	0.1549	0.0004	0.1934	46.9401	-1.2443	17.3588
6	0.1169	-0.0149	0.006	0.1897	-0.0614	0.3013	0.237	-0.0288	-0.2596	-0.0422	0.0577	0.1063	0.2944	-0.0634	0.6171	0.3657	-0.0524	-0.2123	0.0472	0.0815	0.3799	48.7747	-37.9356	9.346
7	-0.0004	-0.0004	-0.0012	0.005	-0.0001	-0.0003	0.0446	-0.0334	-0.0513	0.0161	0.0056	-0.0006	0.0493	-0.024	0.0431	0.4615	-0.2288	-0.2307	0.2015	0.3386	0.4495	35.3427	-50.0487	20.8661
8	0.0962	0.0186	-0.0789	0.0243	-0.0475	0.1127	0.1336	-0.0581	-0.0597	0.0309	0.0219	-0.0031	0.0537	-0.0065	0.1692	0.2959	-0.0798	-0.1703	0.0462	0.0985	0.2843	44.5875	-39.1157	12.0978
9	0.2125	0.0154	-0.1157	0.0075	-0.0014	0.0618	0.1234	-0.1197	-0.0666	0.0056	0.0657	0.0799	0.104	-0.215	0.2049	0.2506	-0.2498	-0.0568	0.3222	0.2311	0.1802	26.4375	-31.5869	22.3573
10	0.0392	0.0116	-0.006	0.0021	-0.0035	0.0327	0.1073	-0.1059	-0.0852	-0.0199	0.0104	0.0603	0.0658	-0.0937	0.1147	0.2936	-0.352	-0.0958	0.3692	0.2304	0.3398	15.4861	-34.3186	11.5299
11	2	9.7514	2	2	2	2	1.8761	-6.826	1.2097	3.2029	-0.3257	-0.1619	-2.3416	2.9455	-1.55	0.4599	0.0234	-0.0516	0.2784	0.0502	0.342	28.0417	-36.8963	7.3392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 395 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 402 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 133 through 195 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 196 through 245 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 246 through 309 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 310 through 395 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 402 through 402 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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