PDB-8u98: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u98

タイトル

Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (PLP-Glycine adduct)

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / transsulfuration / : / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (PLP-Glycine adduct)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u98.cif.gz	656.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u98.ent.gz	545.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

C: Cystathionine beta-lyase

D: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.924, 133.051, 87.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 4 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus E6: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/MOPS, pH 7.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene ...詳細: Morpheus E6: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/MOPS, pH 7.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene glycol, 2mM PLP and glycine added to the protein prior to crystallization, KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13534 well E6 drop 2, Puck: PSL-0903, Cryo: Direct

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus E6: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/MOPS, pH 7.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月6日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→102.43 Å / Num. obs: 359218 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 2484245
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.018 / Num. measured all: 185109 / Num. unique obs: 26567 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.414 / R_rim(I) all: 1.1 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5057: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→24.82 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1615	17924	4.99 %
R_work	0.135	-	-
obs	0.1363	358875	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11982	0	152	1508	13642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13097
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	17837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.302	4735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1969
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2744	557	0.2573	11410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.43	0.2561	621	0.2265	11311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2583	620	0.217	11279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.245	601	0.2111	11314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2263	604	0.1954	11388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2315	645	0.1924	11300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.218	593	0.1743	11330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.1961	582	0.1667	11344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.198	581	0.16	11369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2005	601	0.1552	11334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1888	586	0.1469	11320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1677	601	0.1329	11374	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1518	586	0.1258	11370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1747	598	0.1262	11382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1601	649	0.1233	11242	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1567	581	0.1215	11419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1715	578	0.1264	11352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1662	563	0.1258	11462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.1577	564	0.1226	11305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1632	562	0.1273	11428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1661	628	0.1288	11393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1527	663	0.1228	11294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.1379	608	0.1186	11363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.1378	592	0.1166	11369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.1405	580	0.1186	11427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1443	589	0.1219	11398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.01	0.145	620	0.1272	11351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.45	0.1571	561	0.1347	11442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.34	0.1549	631	0.1298	11428	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-24.82	0.1577	579	0.1447	11453	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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