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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u97 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (AMP-PNP bound) | |||||||||
![]() | Dephospho-CoA kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (AMP-PNP bound) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Seibold, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 762.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 763 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23850.084 Da / 分子数: 1 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus E4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM ...詳細: Morpheus E4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene glycol. KlaeA.00139.a.B1.PW39166 at 24.8 mg/mL. 10 mM soak in AMP-PNP overnight. Plate: SS-Clover-3/17/23 wells H7, Puck: PSL-0116, Cryo: Direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→63.45 Å / Num. obs: 31784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 217334 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.933 / Num. measured all: 16525 / Num. unique obs: 2351 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.378 / Rrim(I) all: 1.009 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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