PDB-8u96: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u96

タイトル

Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (ATP bound)

要素

Dephospho-CoA kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (ATP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Seibold, S.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u96.cif.gz	101.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u96.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u96_validation.pdf.gz	791.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u96_full_validation.pdf.gz	791.8 KB	表示
XML形式データ	8u96_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	8u96_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.635, 49.131, 63.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase 分子量: 23850.084 Da / 分子数: 1 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FR62, dephospho-CoA kinase

#1: タンパク質

Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase

分子量: 23850.084 Da / 分子数: 1 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FR62, dephospho-CoA kinase

-
非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus E4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM ...詳細: Morpheus E4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene glycol. KlaeA.00139.a.B1.PW39166 at 24.8 mg/mL. 10 mM soak in ATP overnight. Plate: SS-Clover-3/17/23 wells H7, Puck: PSL-0114, Cryo: Direct

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus E4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→63.25 Å / Num. obs: 32173 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 0.76 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 218725
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Num. measured all: 15931 / Num. unique obs: 2350 / CC_1/2: 0.848 / R_pim(I) all: 0.334 / R_rim(I) all: 0.878 / Χ²: 0.55 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→24.08 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	1615	5.02 %
R_work	0.1747	-	-
obs	0.1762	32140	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1559	0	47	146	1752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	2261
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.373	615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	291

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.2923	122	0.2598	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.2596	124	0.2323	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.65	0.2556	118	0.2146	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.72	0.2149	146	0.2021	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.8	0.2033	125	0.1875	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.89	0.2277	121	0.1821	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-2.01	0.2022	151	0.1899	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.16	0.218	142	0.1732	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.38	0.2148	154	0.1629	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.72	0.1956	147	0.1703	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.43	0.2227	144	0.1746	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-24.08	0.1757	121	0.1633	2629	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4983	-0.6759	-0.5219	0.9397	0.6723	0.5909	-0.0627	-0.032	0.0957	-0.0911	0.1367	-0.2015	0.1695	0.1259	-0.0429	0.2522	0.0252	0.0214	0.1929	-0.0049	0.2191	-11.2908	7.7119	-11.4406
2	0.6877	-0.6402	-0.2932	5.9486	-2.1854	2.4783	-0.1143	-0.0435	0.0992	0.2851	0.0676	-0.2696	-0.213	0.1329	0.0467	0.1981	-0.0118	-0.032	0.1408	-0.0098	0.1899	4.8503	4.955	-30.4965
3	1.5651	-0.2124	-1.9067	0.223	0.6974	3.2854	-0.0827	0.2143	0.0768	0.0158	-0.0193	0.0811	0.0694	-0.3011	0.0658	0.2546	0.0039	-0.0029	0.2775	0.0412	0.2639	-15.2437	4.4823	-21.3584
4	3.6793	0.8404	-2.6966	2.7357	-1.2115	3.7325	0.2097	-0.0654	0.3789	-0.0844	-0.0161	0.0122	-0.2882	0.2287	-0.1954	0.2226	0.0146	0.016	0.1874	-0.0004	0.2161	-9.22	24.8692	-14.8315
5	1.843	2.3166	-0.5006	4.474	-0.2646	1.5041	0.1247	-0.0869	0.0738	0.4266	0.0156	0.1926	-0.0638	-0.0028	-0.1412	0.2376	0.0585	0.0432	0.2232	0.002	0.1931	-18.8245	12.0754	-0.1889

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 169 through 202 )

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