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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u92 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (pyruvate bound, Orthorhombic P form) | |||||||||
![]() | N-acetylneuraminate lyase | |||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / N-acetylneuraminate lyase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (pyruvate bound, Orthorhombic P form) 著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 713.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 592.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 503.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 71.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 33738.566 Da / 分子数: 6 / 変異: V93A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nanA / プラスミド: KlaeA.01563.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 996分子 ![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: JCSG+ B5: 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% MPD, 5% PEG 8000. KlaeA.01563.a.B1.PW39186 at 18.6 mg/mL. Plate 13190, well B5 drop 2. Puck: PSL-1402, Cryo: direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.58 Å / Num. obs: 174815 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 2398101 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.332 / Num. measured all: 116082 / Num. unique obs: 8536 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 1.385 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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