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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u91 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (Apo, Orthorhombic P form) | |||||||||
![]() | N-acetylneuraminate lyase | |||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / N-acetylneuraminate lyase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (Apo, Orthorhombic P form) 著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 714.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 596.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33669.527 Da / 分子数: 6 / 変異: V93A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nanA / プラスミド: KlaeA.01563.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: JCSG+ B5: 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% MPD, 5% PEG 8000. KlaeA.01563.a.B1.PW39186 at 18.6 mg/mL. Plate 13190, B5 drop 1. Puck: PSL-1401, Cryo: direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→48.86 Å / Num. obs: 88752 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.196 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 1230081 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.892 / Num. measured all: 65115 / Num. unique obs: 4481 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.513 / Rrim(I) all: 1.961 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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