PDB-8u8m: X-ray crystal structure of TEBP-1 MCD2 homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u8m

タイトル

X-ray crystal structure of TEBP-1 MCD2 homodimer

要素

Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Telomeres / C. elegans / shelterin / DNA-binding protein / TEBP-1 / DTN-1 / homodimerization / MYB / homeodomain

機能・相同性

DNA binding / : / Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

機能・相同性情報

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Nandakumar, J. / Padmanaban, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Caenorhabditis elegans telomere-binding proteins TEBP-1 and TEBP-2 adapt the Myb module to dimerize and bind telomeric DNA.
著者: Padmanaban, S. / Lambacher, N.J. / Tesmer, V.M. / Zhang, J. / Shibuya, H. / Nandakumar, J.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8u8m.ent.gz	170.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u8m_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u8m_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	8u8m_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8u8m_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/8u8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/8u8m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8u8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

B: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

C: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

D: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

ヘテロ分子

54.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

B: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

D: Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.842, 59.965, 151.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.823, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Double-strand telomeric DNA-binding proteins 1 / TEBP-1 分子量: 13677.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: tebp-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O62329
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: TEBP-1 MCD2 + 1 M succinic acid, 9 mM cobalt chloride, 100 mM HEPES, pH 7.5, 16 degrees C, hanging drop, cryoprotectant: 1.2 M succinic acid, 7 mM cobalt chloride, 100 mM HEPES, pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→148.74 Å / Num. obs: 35989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 62.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / R_merge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 2686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.58 Å / SU ML: 0.5208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.7532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2652	1831	5.09 %
R_work	0.2323	34158	-
obs	0.234	35989	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3804	0	4	24	3832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5112	5296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	584
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4604	1416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.5395	136	0.4742	2550	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.77-2.85	0.487	161	0.4517	2690	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.85-2.95	0.4376	121	0.4094	2548	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.95-3.05	0.322	175	0.3591	2624	X-RAY DIFFRACTION	97.49
3.05-3.17	0.3722	147	0.3286	2549	X-RAY DIFFRACTION	97.89
3.17-3.32	0.2943	117	0.295	2651	X-RAY DIFFRACTION	98.44
3.32-3.49	0.2773	157	0.2651	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.49-3.71	0.2668	181	0.2454	2566	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.71-4	0.2409	103	0.2154	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4-4.4	0.2207	150	0.202	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.4-5.04	0.2142	160	0.1777	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.04-6.34	0.2334	99	0.1905	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.89
6.35-49.58	0.1985	124	0.1614	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.16577410918	-0.038952896732	2.24920996486	1.85798854067	0.51063577939	9.08367348968	0.0306487060144	-0.625924679523	-0.835369689999	0.132438698025	0.756283758159	0.641171359458	0.771102104359	-0.447976756768	-0.48457710329	0.695507145736	0.113810461675	-0.121135981332	0.698922043339	0.00142465952653	0.624942599319	-4.11605390118	14.7118818807	39.0300207328
2	3.64896449469	-0.34227032988	0.109408841732	3.20609369877	3.54956018675	4.36965989276	0.882966453769	0.270067982092	-1.19796706696	0.348651972718	0.857929185274	-0.496749649931	-1.40049511604	-0.56171295467	-0.24527906815	0.90343094373	0.561472374206	0.0724984693234	1.00645078721	0.103041419992	0.758729100619	-6.50130461342	30.0801973971	34.7769095098
3	3.61128926224	0.373077848705	0.435838371688	7.27569549495	-1.8852098155	9.74636825395	0.286450491723	-0.537988394136	-0.209321781321	0.362947809405	0.374833712426	-0.0520758675902	-0.268039392625	0.134715210635	-0.599121930235	0.468976148462	0.229035711836	-0.000547903427015	0.828334614736	-0.000969914145424	0.636181072809	-1.38197137012	20.7104537148	40.1286461363
4	3.52969349034	-1.08835748196	0.143029056678	2.26230625721	-2.21845147133	4.95551154311	0.509396425028	0.893375887461	-0.0493571450448	-0.240667449972	-0.00557103080386	0.152291018954	-0.385772784901	-0.0771007671459	-0.340367584213	1.05402890685	0.0765865231632	0.0666434475475	1.09137693445	-0.107714912444	0.735825515045	2.24853501119	25.370827925	19.7066694859
5	2.59786304924	0.758068355379	-1.07002205451	4.7785680305	5.15398798176	1.99563766931	-0.149978474338	-0.787571295076	-0.394108925224	-0.722807625353	0.563008823743	0.125662381926	-1.70421363496	1.59010153678	-0.0423423729147	1.19994314415	0.209837337343	-0.205115704161	0.832844534846	0.0303413308784	0.748432851311	-1.39445456274	18.6009225527	55.7136359292
6	2.39083887119	-2.88947126171	3.9349554229	5.79785901056	-2.6404472647	9.75188883928	0.66563000479	-0.348979894284	-0.549812075789	-0.351930060172	0.253036092073	1.13943419355	0.505449157533	-1.26910463947	-0.654055564833	1.25225809981	0.18179406395	0.127346844887	1.1728191425	0.245390853051	0.849538710156	-3.266335625	5.26154228107	63.2147483343
7	1.37747666473	-1.24927066272	-0.343952522974	5.57954381866	0.50525699181	4.38282252142	0.137086830456	0.087206326758	-0.219030672453	0.0942022304679	-0.0443485087031	0.339665689753	1.31945940236	-0.1415652093	0.00824617843011	1.27372471889	0.463791364332	0.0945849139905	0.551245215614	0.201415222206	0.824281421002	7.00337370021	1.46828192767	60.126351772
8	4.99804612089	-2.95366593116	1.09248085197	7.69173766891	-5.81515858815	4.7611535854	1.21607080719	0.478290181352	-2.03044405826	-1.29885125418	0.0174101965775	1.08229174196	1.87231220379	-1.25098544398	-1.47411813296	1.0032323721	0.125652527718	-0.32653772732	1.04866708301	-0.19243235267	1.02077452243	-3.38074204353	6.59363617504	48.8612499713
9	4.89059113784	-1.69329990706	-1.46743154828	0.588460463471	0.627666103438	1.98429032302	0.20058270632	0.465698671086	0.902818710452	-0.63827855831	-0.257617516465	-0.884674821402	-2.82979546072	0.542303556208	0.161432766675	1.24638328677	0.0587261431074	0.0749845730724	0.89509097744	0.156505201849	0.70301389826	5.6329423489	13.4163241142	59.7289792846
10	5.90264674216	-2.8917954378	-0.369798199585	4.68396084706	-0.189822603322	5.5319821455	0.314438599866	-1.56903999529	-0.610509030541	1.21720467071	0.253794141304	0.634631457558	-1.27454574983	-1.54246251188	-0.621727514922	1.06676290952	0.431960221994	0.0937053888418	1.11471906667	0.29311627442	0.866226184764	0.974398241011	8.31711843028	72.5237037176
11	8.28536094287	0.286754173838	2.262128351	1.29091762766	1.90345011297	3.24352266315	1.0432095363	0.287404678149	-0.606554248658	-0.355147053985	-0.245467949562	-0.136967145709	-0.112677002461	-0.198215997279	-0.731853869369	1.166728364	0.273681325961	0.123735014417	0.687145770984	0.203571339446	0.720302110832	9.02857416795	2.55196306518	75.377206501
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20	20	chain 'C' and (resid 226 through 246 )	C	C	226 - 246	61 - 81
21	21	chain 'C' and (resid 247 through 263 )	C	C	247 - 263	82 - 98
22	22	chain 'C' and (resid 264 through 281 )	C	C	264 - 281	99 - 116
23	23	chain 'D' and (resid 166 through 171 )	D	D	166 - 171	1 - 6
24	24	chain 'D' and (resid 172 through 184 )	D	D	172 - 184	7 - 19
25	25	chain 'D' and (resid 185 through 206 )	D	D	185 - 206	20 - 41
26	26	chain 'D' and (resid 207 through 214 )	D	D	207 - 214	42 - 49
27	27	chain 'D' and (resid 215 through 225 )	D	D	215 - 225	50 - 60
28	28	chain 'D' and (resid 226 through 252 )	D	D	226 - 252	61 - 87
29	29	chain 'D' and (resid 253 through 269 )	D	D	253 - 269	88 - 104
30	30	chain 'D' and (resid 270 through 274 )	D	D	270 - 274	105 - 109
31	31	chain 'D' and (resid 275 through 281 )	D	D	275 - 281	110 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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