[日本語] English
万見
- PDB-8u7f: Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u7f
タイトルCrystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum
要素CIB_12 Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / beta-galactosidase
機能・相同性: / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Beta-galactosidase
機能・相同性情報
生物種Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yakunin, A. / Golyshin, P. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Fems Microbiol.Ecol. / 年: 2024
タイトル: Moderately thermostable GH1 beta-glucosidases from hyperacidophilic archaeon Cuniculiplasma divulgatum S5.
著者: Khusnutdinova, A.N. / Tran, H. / Devlekar, S. / Distaso, M.A. / Kublanov, I.V. / Skarina, T. / Stogios, P. / Savchenko, A. / Ferrer, M. / Golyshina, O.V. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CIB_12 Beta-galactosidase
B: CIB_12 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9744
ポリマ－113,7902
非ポリマー1842
水1,928107
1
A: CIB_12 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9872
ポリマ－56,8951
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CIB_12 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9872
ポリマ－56,8951
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.215, 51.805, 128.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 CIB_12 Beta-galactosidase


分子量: 56894.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
遺伝子: CSP5_0942 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N5UH46
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350 25%, 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.3 M NDSB 201, 1% 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→25 Å / Num. obs: 38156 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 18.34
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1629 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.289 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→24.93 Å / SU ML: 0.3519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 1902 5 %RANDOM
Rwork0.2198 36167 --
obs0.2217 38069 94.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7924 0 12 107 8043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.553311009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04611105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.70392993
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.35671120.32812130X-RAY DIFFRACTION78.75
2.61-2.680.32041240.30762352X-RAY DIFFRACTION87.31
2.68-2.760.33241300.29432468X-RAY DIFFRACTION91
2.76-2.850.32081350.28932569X-RAY DIFFRACTION95.11
2.85-2.950.3381370.28052603X-RAY DIFFRACTION96.48
2.95-3.070.38181380.27262619X-RAY DIFFRACTION96.43
3.07-3.210.31761360.27272628X-RAY DIFFRACTION96.54
3.21-3.380.33281380.25632611X-RAY DIFFRACTION97.03
3.38-3.590.30841390.24492634X-RAY DIFFRACTION97.03
3.59-3.860.24771380.21042643X-RAY DIFFRACTION97.27
3.86-4.250.21261410.18612684X-RAY DIFFRACTION97.89
4.25-4.860.19871420.16342686X-RAY DIFFRACTION98.06
4.86-6.110.23391430.18822731X-RAY DIFFRACTION98.56
6.11-24.930.21671490.19612809X-RAY DIFFRACTION98.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.05883888570.383253860598-0.3167048185681.35869886144-0.3201007207441.78567888580.01981136548180.2756805651070.0530741143126-0.09181175737650.0822081339467-0.161367139831-0.2337464791990.591949181007-0.1030157933480.413539975884-0.112376455906-0.03005406297050.551557407654-0.009673605586770.31683965246217.397459938-23.3629741616.99131397315
22.41057378229-0.3607293486040.174479100051.58111091714-0.2633861828691.994664758240.1298763868040.0243238689336-0.0692987906545-0.03477269097585.83909616793E-5-0.211027483627-0.4327483810350.789942735723-0.1151168914680.527580435039-0.2281871298010.006593821550770.799584203731-0.04169425325860.46119139349826.3674134493-21.475136311511.7310603405
37.049034888040.152117031022-1.146699579271.35630896502-0.6477229854031.55635220866-0.013241183862-0.819593373506-0.03327264299730.0799905663487-0.0278179716241-0.519207073329-0.3170381125751.44881628345-0.007582126562040.536918277837-0.263657519018-0.02327798546881.49397308132-0.01004884667420.71633974730141.1310460672-23.178801115619.97825733
42.259693755140.0713920990426-0.5640336035790.9926133928270.2203771076172.36216581280.0695785095297-0.477754735234-0.07990508862560.222328883315-0.0205897630786-0.256365333597-0.07273448322910.385337169481-0.04203569180810.367351403806-0.0717039791821-0.0245369376150.568029248090.03854660796460.36004715533812.1983561838-30.232035024626.348100626
51.513529749621.06812668498-0.7748401401110.680169380107-0.4044851759325.091040162520.188568411042-0.328197009437-0.1342668109950.225406189447-0.2014861579860.0103618606908-0.1344107459820.01485759061730.009694405907330.3748854071170.1009470405270.01435922997160.6356737166740.01329571218520.385186087871-21.8994709544-35.476784816845.6501359577
62.077703142870.877453556043-0.5452459897821.2318858262-0.2557525439451.775115824610.188512281461-0.4802229535820.2130602764670.115231957036-0.07582562291240.272479771993-0.0290153592142-0.503261648265-0.1278498090760.4066059302670.0934800669819-0.003329257685350.817161210767-0.03219611138640.395902705357-31.1239921513-28.958963439948.86752209
72.725759993510.31281907329-1.046215020884.39833963466-1.149566500074.60383119080.302995328044-0.383913712833-0.1420533546420.2460877289150.06161700166430.4081119717730.0415311983879-0.483637337488-0.3633504592870.3639056189660.00178782308879-0.01576749285920.797890984929-0.01521491951820.389538873318-31.3159926838-38.17533412347.541792178
80.8412264885720.149195857256-0.6231863983281.401648934630.332173959012.428888609710.141354539771-0.182560526537-0.107230646593-0.0657136668394-0.1250682742810.3511014184940.0910905801741-0.9124445605850.02138825170230.41935962-0.00232414506887-0.07677794849041.037448033340.01501138745140.5570618072-37.0892466463-40.604959810637.5702778699
97.76912023022-0.293965453991-1.460877559073.16908584616-0.3957251404590.7046681608530.0451838643826-0.0304008181122-0.513996581069-0.448982511428-0.03156851053010.5526689357610.55077781982-1.19238428211-0.1013420282630.491068459145-0.167980421453-0.1026449508791.40818998894-0.06390758231540.566538450352-47.0783146217-46.193342526933.8836086181
102.81198639206-2.37393176896-0.5349425714577.433948421112.084571087345.252358423630.1259450066490.13555568116-0.285337264520.162458862209-0.241380198790.1843019244940.435599967365-0.4573364268810.1221192474570.4446258108-0.0497247017604-0.08094633803140.6348819051590.01222915979680.364396867933-26.5846325513-51.307026581627.9193261281
111.184416973080.2624620060130.2609950137951.221500816490.3126460099982.824350280950.0179569950246-0.0646000814567-0.0964016052053-0.1326403551720.03138979843250.0295169815046-0.0126293782782-0.168171063317-0.05969597060120.298302092160.02441863524910.0005069464105260.5336746063590.008587682178830.33373008774-16.8807449371-36.175367780828.1673849317
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 109 )AA1 - 1091 - 109
22chain 'A' and (resid 110 through 274 )AA110 - 274110 - 268
33chain 'A' and (resid 275 through 314 )AA275 - 314269 - 308
44chain 'A' and (resid 315 through 484 )AA315 - 484309 - 478
55chain 'B' and (resid 1 through 41 )BB1 - 411 - 41
66chain 'B' and (resid 42 through 138 )BB42 - 13842 - 138
77chain 'B' and (resid 139 through 174 )BB139 - 174139 - 167
88chain 'B' and (resid 175 through 274 )BB175 - 274168 - 267
99chain 'B' and (resid 275 through 314 )BB275 - 314268 - 307
1010chain 'B' and (resid 315 through 339 )BB315 - 339308 - 332
1111chain 'B' and (resid 340 through 484 )BB340 - 484333 - 477

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る