PDB-8u7f: Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u7f

タイトル

Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum

要素

CIB_12 Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-galactosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cytosol / Beta-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yakunin, A. / Golyshin, P. / Savchenko, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2023年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u7f.cif.gz	454.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u7f.ent.gz	334.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u7f_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u7f_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	8u7f_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	8u7f_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CIB_12 Beta-galactosidase

B: CIB_12 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
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1

A: CIB_12 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CIB_12 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.215, 51.805, 128.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.340, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	CIB_12 Beta-galactosidase 分子量: 56894.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cuniculiplasma divulgatum (古細菌) 遺伝子: CSP5_0942 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N5UH46
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 3350 25%, 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.3 M NDSB 201, 1% 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→25 Å / Num. obs: 38156 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 18.34
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1629 / CC_1/2: 0.886 / R_pim(I) all: 0.289 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→24.93 Å / SU ML: 0.3519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2597	1902	5 %	RANDOM
R_work	0.2198	36167	-	-
obs	0.2217	38069	94.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7924	0	12	107	8043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	8152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5533	11009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0461	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7039	2993

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.61	0.3567	112	0.3281	2130	X-RAY DIFFRACTION	78.75
2.61-2.68	0.3204	124	0.3076	2352	X-RAY DIFFRACTION	87.31
2.68-2.76	0.3324	130	0.2943	2468	X-RAY DIFFRACTION	91
2.76-2.85	0.3208	135	0.2893	2569	X-RAY DIFFRACTION	95.11
2.85-2.95	0.338	137	0.2805	2603	X-RAY DIFFRACTION	96.48
2.95-3.07	0.3818	138	0.2726	2619	X-RAY DIFFRACTION	96.43
3.07-3.21	0.3176	136	0.2727	2628	X-RAY DIFFRACTION	96.54
3.21-3.38	0.3328	138	0.2563	2611	X-RAY DIFFRACTION	97.03
3.38-3.59	0.3084	139	0.2449	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.03
3.59-3.86	0.2477	138	0.2104	2643	X-RAY DIFFRACTION	97.27
3.86-4.25	0.2126	141	0.1861	2684	X-RAY DIFFRACTION	97.89
4.25-4.86	0.1987	142	0.1634	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.06
4.86-6.11	0.2339	143	0.1882	2731	X-RAY DIFFRACTION	98.56
6.11-24.93	0.2167	149	0.1961	2809	X-RAY DIFFRACTION	98.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0588388857	0.383253860598	-0.316704818568	1.35869886144	-0.320100720744	1.7856788858	0.0198113654818	0.275680565107	0.0530741143126	-0.0918117573765	0.0822081339467	-0.161367139831	-0.233746479199	0.591949181007	-0.103015793348	0.413539975884	-0.112376455906	-0.0300540629705	0.551557407654	-0.00967360558677	0.316839652462	17.397459938	-23.362974161	6.99131397315
2	2.41057378229	-0.360729348604	0.17447910005	1.58111091714	-0.263386182869	1.99466475824	0.129876386804	0.0243238689336	-0.0692987906545	-0.0347726909758	5.83909616793E-5	-0.211027483627	-0.432748381035	0.789942735723	-0.115116891468	0.527580435039	-0.228187129801	0.00659382155077	0.799584203731	-0.0416942532586	0.461191393498	26.3674134493	-21.4751363115	11.7310603405
3	7.04903488804	0.152117031022	-1.14669957927	1.35630896502	-0.647722985403	1.55635220866	-0.013241183862	-0.819593373506	-0.0332726429973	0.0799905663487	-0.0278179716241	-0.519207073329	-0.317038112575	1.44881628345	-0.00758212656204	0.536918277837	-0.263657519018	-0.0232779854688	1.49397308132	-0.0100488466742	0.716339747301	41.1310460672	-23.1788011156	19.97825733
4	2.25969375514	0.0713920990426	-0.564033603579	0.992613392827	0.220377107617	2.3621658128	0.0695785095297	-0.477754735234	-0.0799050886256	0.222328883315	-0.0205897630786	-0.256365333597	-0.0727344832291	0.385337169481	-0.0420356918081	0.367351403806	-0.0717039791821	-0.024536937615	0.56802924809	0.0385466079646	0.360047155338	12.1983561838	-30.2320350246	26.348100626
5	1.51352974962	1.06812668498	-0.774840140111	0.680169380107	-0.404485175932	5.09104016252	0.188568411042	-0.328197009437	-0.134266810995	0.225406189447	-0.201486157986	0.0103618606908	-0.134410745982	0.0148575906173	0.00969440590733	0.374885407117	0.100947040527	0.0143592299716	0.635673716674	0.0132957121852	0.385186087871	-21.8994709544	-35.4767848168	45.6501359577
6	2.07770314287	0.877453556043	-0.545245989782	1.2318858262	-0.255752543945	1.77511582461	0.188512281461	-0.480222953582	0.213060276467	0.115231957036	-0.0758256229124	0.272479771993	-0.0290153592142	-0.503261648265	-0.127849809076	0.406605930267	0.0934800669819	-0.00332925768535	0.817161210767	-0.0321961113864	0.395902705357	-31.1239921513	-28.9589634399	48.86752209
7	2.72575999351	0.31281907329	-1.04621502088	4.39833963466	-1.14956650007	4.6038311908	0.302995328044	-0.383913712833	-0.142053354642	0.246087728915	0.0616170016643	0.408111971773	0.0415311983879	-0.483637337488	-0.363350459287	0.363905618966	0.00178782308879	-0.0157674928592	0.797890984929	-0.0152149195182	0.389538873318	-31.3159926838	-38.175334123	47.541792178
8	0.841226488572	0.149195857256	-0.623186398328	1.40164893463	0.33217395901	2.42888860971	0.141354539771	-0.182560526537	-0.107230646593	-0.0657136668394	-0.125068274281	0.351101418494	0.0910905801741	-0.912444560585	0.0213882517023	0.41935962	-0.00232414506887	-0.0767779484904	1.03744803334	0.0150113874514	0.5570618072	-37.0892466463	-40.6049598106	37.5702778699
9	7.76912023022	-0.293965453991	-1.46087755907	3.16908584616	-0.395725140459	0.704668160853	0.0451838643826	-0.0304008181122	-0.513996581069	-0.448982511428	-0.0315685105301	0.552668935761	0.55077781982	-1.19238428211	-0.101342028263	0.491068459145	-0.167980421453	-0.102644950879	1.40818998894	-0.0639075823154	0.566538450352	-47.0783146217	-46.1933425269	33.8836086181
10	2.81198639206	-2.37393176896	-0.534942571457	7.43394842111	2.08457108734	5.25235842363	0.125945006649	0.13555568116	-0.28533726452	0.162458862209	-0.24138019879	0.184301924494	0.435599967365	-0.457336426881	0.122119247457	0.4446258108	-0.0497247017604	-0.0809463380314	0.634881905159	0.0122291597968	0.364396867933	-26.5846325513	-51.3070265816	27.9193261281
11	1.18441697308	0.262462006013	0.260995013795	1.22150081649	0.312646009998	2.82435028095	0.0179569950246	-0.0646000814567	-0.0964016052053	-0.132640355172	0.0313897984325	0.0295169815046	-0.0126293782782	-0.168171063317	-0.0596959706012	0.29830209216	0.0244186352491	0.000506946410526	0.533674606359	0.00858768217883	0.33373008774	-16.8807449371	-36.1753677808	28.1673849317

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 109 )	A	A	1 - 109	1 - 109
2	2	chain 'A' and (resid 110 through 274 )	A	A	110 - 274	110 - 268
3	3	chain 'A' and (resid 275 through 314 )	A	A	275 - 314	269 - 308
4	4	chain 'A' and (resid 315 through 484 )	A	A	315 - 484	309 - 478
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 41 )	B	B	1 - 41	1 - 41
6	6	chain 'B' and (resid 42 through 138 )	B	B	42 - 138	42 - 138
7	7	chain 'B' and (resid 139 through 174 )	B	B	139 - 174	139 - 167
8	8	chain 'B' and (resid 175 through 274 )	B	B	175 - 274	168 - 267
9	9	chain 'B' and (resid 275 through 314 )	B	B	275 - 314	268 - 307
10	10	chain 'B' and (resid 315 through 339 )	B	B	315 - 339	308 - 332
11	11	chain 'B' and (resid 340 through 484 )	B	B	340 - 484	333 - 477

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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