PDB-8u79: Crystal Structure of Substrate Binding Protein of Thermus thermop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u79

タイトル

Crystal Structure of Substrate Binding Protein of Thermus thermophilus TAXI-TRAP protein with L-glutamate

要素

Immunogenic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein / TRAP protein / glutamine / TAXI-TRAP

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor, TAXI family / NMT1-like family / CITRIC ACID / GLUTAMIC ACID / Immunogenic protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Antony, I.R. / Currie, M. / Dobson, R.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glutamate-binding subunit from a TAXI-TRAP transporter
著者: Antony, I.R. / Currie, M.J. / Newton-Vesty, M.C. / Tillett, Z.D. / Allison, T.M. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u79.cif.gz	352.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u79.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u79_validation.pdf.gz	726.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u79_full_validation.pdf.gz	732.9 KB	表示
XML形式データ	8u79_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8u79_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunogenic protein

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.547, 67.913, 81.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Immunogenic protein 分子量: 34135.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1157 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJ57
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Ammonium citrate dibasic, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→43.552 Å / Num. obs: 112678 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.449 / Num. unique obs: 58184 / CC_1/2: 0.637 / R_pim(I) all: 0.65 / R_rim(I) all: 0.061

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.11→43.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / SU B: 0.827 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1378	5583	4.959 %
R_work	0.1201	107007	-
all	0.121	-	-
obs	-	112590	99.705 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.478 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.505 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.195 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2241	0	27	324	2592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.03	1.816	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.672	1.752	5927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.734	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.063	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.464	10	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.832	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.281	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.367	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.548	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.402	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.336	1.266	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.334	1.266	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.331	2.288	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.329	2.288	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.492	1.59	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.49	1.59	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.36	2.774	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.358	2.773	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	34.018	24.855	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	30.771	20.345	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.146	3	5211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.139	0.243	426	0.231	7493	X-RAY DIFFRACTION	96.0577
1.139-1.17	0.22	389	0.192	7669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.17-1.204	0.174	395	0.173	7441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.204-1.241	0.181	401	0.157	7201	X-RAY DIFFRACTION	99.9868
1.241-1.282	0.183	340	0.145	7071	X-RAY DIFFRACTION	100
1.282-1.327	0.157	319	0.127	6801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.327-1.377	0.145	360	0.116	6565	X-RAY DIFFRACTION	99.9856
1.377-1.433	0.128	318	0.102	6344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.433-1.496	0.124	308	0.092	6056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.496-1.569	0.113	306	0.088	5825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.569-1.654	0.113	305	0.088	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.654-1.754	0.113	301	0.088	5210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.754-1.875	0.119	259	0.094	4954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.875-2.025	0.112	248	0.096	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.218	0.119	214	0.102	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.218-2.479	0.118	206	0.104	3881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.861	0.122	178	0.111	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.9724
2.861-3.5	0.127	141	0.123	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.934	0.145	111	0.127	2327	X-RAY DIFFRACTION	99.918

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)