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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u6x | ||||||
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タイトル | ATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/DNA / enzyme-adenylate / Lig E / LIGASE / LIGASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae MS11 (淋菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Williamson, A. / Pan, J. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Bmc Microbiol. / 年: 2024 タイトル: A role for the ATP-dependent DNA ligase lig E of Neisseria gonorrhoeae in biofilm formation. 著者: Pan, J. / Singh, A. / Hanning, K. / Hicks, J. / Williamson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u6x.cif.gz | 147 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u6x.ent.gz | 90.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u6x_validation.pdf.gz | 745.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u6x_full_validation.pdf.gz | 746.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8u6x_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u6x_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32029.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae MS11 (淋菌) / 遺伝子: NGFG_01849 / プラスミド: pDEST 17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: D6HB39 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 6392.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 46分子
#4: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 % / 解説: small rods/ plates |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.5 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis Tris Propane pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953724 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→48.93 Å / Num. obs: 13286 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 53.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1076 / Rpim(I) all: 0.03774 / Rrim(I) all: 0.1144 / Net I/σ(I): 11.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.527 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 1269 / CC1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.3757 / Rrim(I) all: 1.146 / % possible all: 99.61 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→48.93 Å / SU ML: 0.3919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9417 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→48.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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