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万見
- PDB-8u6x: ATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u6x
タイトルATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA ligase
キーワードLIGASE/DNA / enzyme-adenylate / Lig E / LIGASE / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / THIOCYANATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae MS11 (淋菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Williamson, A. / Pan, J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)21/754 ニュージーランド
引用ジャーナル: Bmc Microbiol. / 年: 2024
タイトル: A role for the ATP-dependent DNA ligase lig E of Neisseria gonorrhoeae in biofilm formation.
著者: Pan, J. / Singh, A. / Hanning, K. / Hicks, J. / Williamson, A.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4377
ポリマ－44,9163
非ポリマー5214
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.398, 167.680, 51.159
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA ligase


分子量: 32029.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae MS11 (淋菌) / 遺伝子: NGFG_01849 / プラスミド: pDEST 17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: D6HB39

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6392.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 % / 解説: small rods/ plates
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis Tris Propane pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→48.93 Å / Num. obs: 13286 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 53.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1076 / Rpim(I) all: 0.03774 / Rrim(I) all: 0.1144 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル解像度: 2.44→2.527 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 1269 / CC1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.3757 / Rrim(I) all: 1.146 / % possible all: 99.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→48.93 Å / SU ML: 0.3919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9417
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 1329 10.01 %
Rwork0.2295 11954 -
obs0.2346 13283 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 246 31 42 2295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00272328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51363180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1688403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.540.38151400.33731265X-RAY DIFFRACTION98.8
2.54-2.650.35751460.29281302X-RAY DIFFRACTION99.72
2.65-2.790.38371440.2751298X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.970.32591450.27521304X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.190.35431480.29411329X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.520.34351450.22841316X-RAY DIFFRACTION99.86
3.52-4.030.27351490.22351338X-RAY DIFFRACTION99.93
4.03-5.070.19181500.1781356X-RAY DIFFRACTION100
5.07-48.930.25161620.21381446X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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