+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u6b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenethyl)acrylamide (JLJ731), a non-nucleoside inhibitor | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / ANTIVIRAL (抗ウイルス薬) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Hollander, K. / Henry, S. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Covalent and noncovalent strategies for targeting Lys102 in HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Prucha, G.R. / Henry, S. / Hollander, K. / Carter, Z.J. / Spasov, K.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u6b.cif.gz | 200.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8u6b.ent.gz | 153.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6b | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8u69C 8u6aC 8u6cC 8u6dC 8u6eC 8u6fC 8u6gC 8u6hC 8u6iC 8u6jC 8u6kC 8u6lC 8u6mC 8u6nC 8u6oC 8u6pC 8u6qC 8u6rC 8u6sC 8u6tC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: C879S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366 |
#3: 化合物 | ChemComp-VTN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM MES pH 5.5, 21.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine PH範囲: 5.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→106.99 Å / Num. obs: 52318 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 365297 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.47 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.637 / Num. measured all: 56100 / Num. unique obs: 7698 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.647 / Rrim(I) all: 1.762 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I) obs: 1.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→79.78 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.25 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→79.78 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|