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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u5z | ||||||
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タイトル | Structure of Mango II variant aptamer bound to T01-7M-B | ||||||
![]() | Mango II variant | ||||||
![]() | RNA / aptamer / fluorescence / turn-on / fluorogenic / fluorophore / G-quartet / G-quadruplex | ||||||
機能・相同性 | : / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Passalacqua, L.F.M. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Mango II variant aptamer bound to T01-7M-B 著者: Passalacqua, L.F.M. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 11889.210 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | 分子量: 763.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H51N6O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Magnesium chloride hexahydrate, MOPS, TacsimateTM, hexamine cobalt (III) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→45.27 Å / Num. obs: 12754 / % possible obs: 97.99 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 45.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 1213 / CC1/2: 0.903 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.4864640461 Å / Origin y: 25.2521957482 Å / Origin z: -3.03685615613 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |