PDB-8u5l: MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody ta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u5l

タイトル

MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody targeting BK virus VP1

要素

Capsid protein VP1
scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

キーワード

Viral Protein/Immune System / Antibody fragment / scFv / Viral Protein-Immune System complex

機能・相同性

Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / Capsid protein VP1

機能・相同性情報

生物種

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Knapp, M.S. / Ornelas, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Am J Transplant / 年: 2024
タイトル: Nonclinical and clinical characterization of MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody targeting BK polyomavirus VP1.
著者: Abend, J.R. / Sathe, A. / Wrobel, M.B. / Knapp, M. / Xu, L. / Zhao, L. / Kim, P. / Desai, S. / Nguyen, A. / Leber, X.C. / Hein, A. / Scharenberg, M. / Shaul, J. / Ornelas, E. / Wong, K. / ...

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u5l.cif.gz	953.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u5l.ent.gz	795.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u5l_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u5l_full_validation.pdf.gz	485.8 KB	表示
XML形式データ	8u5l_validation.xml.gz	92.1 KB	表示
CIF形式データ	8u5l_validation.cif.gz	130.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5l	HTTPS FTP

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ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Capsid protein VP1

D: Capsid protein VP1

E: Capsid protein VP1

F: scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

H: scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

J: scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

K: scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

N: scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868

282 kDa, 10 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.224, 224.224, 143.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	K-328- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 29590.348 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7VLA4
#2: 抗体	scFv fragment of the monoclonal antibody MAU868 分子量: 26746.404 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化	温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M MgCl 2 25% w/v Peg 3350 0.1M Bis-Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→79.28 Å / Num. obs: 100483 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.275 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.28 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 2655968
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 25.8 % / R_merge(I) obs: 1.382 / Num. measured all: 369148 / Num. unique obs: 14325 / CC_1/2: 0.838 / R_pim(I) all: 0.275 / R_rim(I) all: 1.41 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→79.28 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	5063	5.06 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1846	100033	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→79.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18536	0	0	1254	19790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	19098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.568	26003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.199	6883
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3422

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.3365	152	0.3213	2955	X-RAY DIFFRACTION	94
2.73-2.76	0.3024	179	0.2423	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3203	182	0.2388	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.83	0.2624	167	0.2277	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.248	186	0.2229	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.2632	153	0.215	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.95	0.2289	146	0.2025	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.99	0.232	187	0.2027	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.04	0.2477	177	0.1977	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.09	0.2431	196	0.1958	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.2249	164	0.1969	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.233	202	0.196	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.26	0.219	172	0.2009	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.33	0.2291	160	0.2053	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.4	0.2362	175	0.2095	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.48	0.2523	152	0.1995	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.57	0.2098	150	0.1943	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.66	0.2757	175	0.2416	2976	X-RAY DIFFRACTION	95
3.66-3.77	0.3164	157	0.284	3059	X-RAY DIFFRACTION	96
3.77-3.89	0.1699	169	0.167	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.03	0.2026	146	0.1619	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.19	0.1748	171	0.1453	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.39	0.1608	185	0.1308	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.62	0.1611	172	0.1258	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.91	0.1445	139	0.1222	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.28	0.1748	154	0.1298	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-5.82	0.17	170	0.1446	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-6.66	0.1917	157	0.1622	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-8.39	0.1988	164	0.1638	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
8.39-79.28	0.2218	204	0.1951	3421	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6809	-0.3294	1.936	1.3546	-1.3676	2.9844	-0.165	-0.5901	0.0682	0.1558	0.2473	0.1621	-1.092	-0.5956	0.0916	0.4399	0.0971	0.0622	0.4439	-0.0571	0.3795	-31.9448	-29.064	-13.6464
2	0.9062	-0.0336	-0.6906	0.4103	-0.5421	3.4604	-0.0137	0.0229	0.194	0.0715	-0.027	-0.0948	-0.3669	0.0686	0.0481	0.2574	-0.0046	-0.0231	0.2614	-0	0.3285	-25.3067	-35.6266	-37.144
3	1.1696	-0.1132	-0.2053	0.4507	-0.0285	0.5286	-0.0022	0.0671	-0.0744	-0.0383	-0.0012	-0.0741	0.0038	0.1552	-0.0054	0.1652	0.0195	0.0183	0.2217	0.0012	0.2209	-24.4048	-43.9147	-40.8392
4	1.8785	-0.3667	-0.6796	0.6648	0.0332	0.7472	0.0929	0.0035	-0.1367	0.0429	0.0752	-0.1042	0.0363	0.1536	-0.0004	0.2406	0.0203	0.0161	0.2003	0.0111	0.277	-29.0619	-46.4054	-32.3431
5	6.1472	-1.1609	3.4543	2.296	-0.4407	8.0632	0.2101	-0.842	-0.4106	0.0101	0.1741	-0.1853	0.5125	-0.0182	-0.3477	0.2953	0.0262	0.0689	0.2525	-0.0363	0.2663	-33.1163	-37.651	-17.5901
6	0.6134	-0.2215	-0.0411	1.5487	1.9059	2.4213	-0.034	-0.0526	0.0386	0.0558	0.0183	-0.0407	-0.0276	-0.0888	-0.0522	0.2309	0.0337	0.0025	0.2906	0.0365	0.2398	-31.6616	-36.4221	-33.7384
7	0.4961	0.7878	0.3447	1.8815	2.5907	7.1001	0.1212	-0.1365	0.0328	0.0765	-0.1497	0.2119	-0.2214	-0.4702	0.0081	0.2346	0.1082	0.0041	0.4278	0.0138	0.4884	-64.5873	-31.114	-30.0053
8	1.6737	0.2309	0.2286	0.8524	-0.6021	3.4555	0.1107	0.0701	0.2483	-0.1542	-0.0146	-0.0189	-0.4307	-0.383	-0.0563	0.2322	0.03	-0.0389	0.2578	0.0031	0.2989	-55.7661	-30.0425	-46.4078
9	0.2366	0.2202	0.0217	0.51	-0.0535	0.5161	-0.0312	0.0663	0.0193	-0.0843	0.0693	0.1092	-0.0582	0.0048	-0.0289	0.2259	0.0413	-0.0113	0.2617	0.0128	0.2836	-52.1164	-34.1771	-42.9733
10	2.5409	0.4261	-0.8302	0.66	-2.4964	9.6779	0.1494	-0.2235	0.1516	0.0837	-0.0907	0.0994	-0.781	-0.1668	-0.1873	0.2553	0.0209	0.0203	0.2461	-0.0271	0.3157	-46.7676	-27.8571	-35.026
11	1.1357	-0.2012	-1.2289	2.1773	0.4087	1.4466	0.0767	-0.1301	-0.1132	0.0162	-0.0745	-0.1829	0.0258	0.2019	0.023	0.1667	0.0599	-0.0268	0.302	0.0398	0.2965	-53.7175	-40.9092	-30.4057
12	1.9539	-0.7241	-1.0932	2.6162	2.4283	2.4921	0.13	-0.152	0.1539	-0.2083	0.1749	0.0145	-0.347	0.0525	-0.2129	0.2932	0.0405	-0.0063	0.2593	0.0707	0.2886	-58.3452	-33.726	-38.2724
13	0.9497	-0.6348	-1.2464	2.9782	2.7575	2.7818	0.0297	0.0345	0.0205	-0.0051	-0.1487	0.1947	-0.1479	-0.2331	0.0622	0.1238	0.0326	-0.0041	0.2348	0.0159	0.1773	-60.2963	-36.7006	-36.058
14	4.1409	-1.8303	-3.4468	6.0876	5.5189	8.1176	0.0239	-0.2005	0.0999	0.5032	-0.0786	-0.3297	0.3422	-0.3384	-0.0996	0.2716	-0.0537	0.0009	0.3187	0.097	0.3363	-76.112	-60.7319	-15.098
15	0.7953	0.0359	0.2235	1.4982	0.0444	0.8582	-0.0052	0.1677	-0.0216	-0.1494	0.1119	0.2768	0.0905	-0.0656	0.0146	0.2213	0.002	-0.0494	0.2928	-0.0065	0.2816	-70.441	-61.633	-52.5201
16	1.2914	-0.0503	-0.3167	2.1587	0.902	2.7757	-0.128	-0.2254	-0.0443	0.2389	-0.0244	0.254	0.346	-0.441	0.1129	0.2045	-0.0417	0.0092	0.308	0.0069	0.2974	-76.9154	-61.7821	-21.3173
17	0.5011	-0.1771	0.2079	0.697	-0.0163	0.9569	-0.0101	0.0271	0.0702	-0.0622	-0.0085	0.1018	-0.0473	-0.107	0.0191	0.1891	-0.0204	-0.0176	0.2759	0.0139	0.3046	-66.7142	-55.9091	-40.0975
18	1.1182	-0.6246	-2.2833	0.6147	1.2105	7.756	0.0249	0.1111	-0.107	-0.0481	-0.059	0.0949	0.1142	-0.2425	0.1156	0.1695	-0.0323	-0.0079	0.1861	0.0035	0.2675	-69.1802	-62.9219	-34.3444
19	6.0293	-2.2306	-4.3498	2.8145	2.1613	4.8677	-0.1153	-0.7575	0.4642	0.4792	0.2993	-0.131	0.2591	0.5136	-0.0239	0.4326	0.0647	-0.0143	0.3998	0.031	0.2643	-49.2058	-81.1627	-7.9435
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60	3.2008	0.7656	-0.6016	3.6182	-1.3856	4.8982	0.2156	-0.2054	0.334	0.1503	-0.1608	-0.3676	-0.8411	0.4925	0.0013	0.493	-0.0678	0.0221	0.3115	0.0518	0.4183	-30.1095	-6.4526	-49.0789
61	4.2817	2.8138	-0.123	3.9475	-2.915	3.8237	-0.3976	0.3768	0.3623	-0.3236	0.0136	-0.4731	-0.466	0.6601	0.4584	0.5054	-0.1086	0.0626	0.4146	0.0519	0.5005	-25.5204	-2.7471	-57.4697
62	2.4247	0.7858	-0.4605	2.1115	-1.1541	2.5958	0.0693	0.283	0.4888	0.2689	-0.0409	0.1387	-0.5817	0.0463	0.002	0.4804	0.0593	0.0364	0.288	0.0715	0.4	-36.9474	-6.1278	-58.6956
63	3.3911	-0.6538	-0.0448	2.66	-2.8361	4.7389	0.252	0.8332	0.5799	-0.3787	-0.2288	0.5176	-0.4566	-0.1803	-0.0298	0.5083	0.0586	0.0012	0.5	0.1866	0.4095	-45.9116	-7.5926	-66.466
64	2.5104	0.8321	0.5354	2.5524	-1.6498	4.212	-0.0517	0.5133	0.3234	-0.1474	0.1947	0.3052	-0.3163	-0.3859	-0.0989	0.4581	0.0538	0.0051	0.4277	0.1082	0.3828	-47.2757	-8.1506	-64.4433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 205 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 206 through 236 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 33 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 107 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 108 through 205 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 206 through 218 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 219 through 255 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 256 through 272 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 273 through 297 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 31 through 52 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 53 through 89 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 90 through 121 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 122 through 255 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 256 through 297 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 33 through 52 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 53 through 121 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 122 through 205 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 206 through 218 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 219 through 255 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 256 through 272 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 273 through 297 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 33 through 44 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 45 through 121 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 122 through 137 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 138 through 164 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 165 through 255 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 256 through 272 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 273 through 297 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 1 through 39 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 40 through 170 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 171 through 187 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 188 through 214 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 215 through 230 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 231 through 248 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 18 through 83 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 84 through 157 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 158 through 187 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 188 through 201 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 202 through 230 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 231 through 249 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 1 through 17 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 18 through 113 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 114 through 148 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 149 through 247 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 1 through 17 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 18 through 64 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resid 65 through 83 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 84 through 157 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 158 through 170 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 171 through 187 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 188 through 214 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 215 through 230 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 231 through 248 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'N' and (resid 1 through 17 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'N' and (resid 18 through 83 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 84 through 99 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 100 through 148 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'N' and (resid 149 through 187 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'N' and (resid 188 through 247 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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