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Yorodumi- PDB-8u5l: MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody ta... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8u5l | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody targeting BK virus VP1 | ||||||
Components |
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Keywords | Viral Protein/Immune System / Antibody fragment / scFv / Viral Protein-Immune System complex | ||||||
| Function / homology | Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / Capsid protein VP1 Function and homology information | ||||||
| Biological species | Betapolyomavirus hominis Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Knapp, M.S. / Ornelas, E. | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: Am J Transplant / Year: 2024Title: Nonclinical and clinical characterization of MAU868, a novel human-derived monoclonal neutralizing antibody targeting BK polyomavirus VP1. Authors: Abend, J.R. / Sathe, A. / Wrobel, M.B. / Knapp, M. / Xu, L. / Zhao, L. / Kim, P. / Desai, S. / Nguyen, A. / Leber, X.C. / Hein, A. / Scharenberg, M. / Shaul, J. / Ornelas, E. / Wong, K. / ...Authors: Abend, J.R. / Sathe, A. / Wrobel, M.B. / Knapp, M. / Xu, L. / Zhao, L. / Kim, P. / Desai, S. / Nguyen, A. / Leber, X.C. / Hein, A. / Scharenberg, M. / Shaul, J. / Ornelas, E. / Wong, K. / Pietzonka, T. / Sterling, L.M. / Hodges, M.R. / Pertel, P. / Traggiai, E. / Patick, A.K. / Kovacs, S.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8u5l.cif.gz | 953.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8u5l.ent.gz | 795.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8u5l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8u5l_validation.pdf.gz | 478.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8u5l_full_validation.pdf.gz | 485.8 KB | Display | |
| Data in XML | 8u5l_validation.xml.gz | 92.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 8u5l_validation.cif.gz | 130.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5l | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29590.348 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Betapolyomavirus hominis / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 26746.404 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.79 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.1 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.2M MgCl 2 25% w/v Peg 3350 0.1M Bis-Tris pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 15, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.7→79.28 Å / Num. obs: 100483 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 26.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.28 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 2655968 |
| Reflection shell | Resolution: 2.7→2.85 Å / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 1.382 / Num. measured all: 369148 / Num. unique obs: 14325 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.275 / Rrim(I) all: 1.41 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 3.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7→79.28 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.17 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→79.28 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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