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- PDB-8u5f: Crystal Structure of Trypsinized Clostridium perfringens Enterotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u5f
タイトルCrystal Structure of Trypsinized Clostridium perfringens Enterotoxin
要素Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
機能・相同性Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / PHOSPHATE ION / Heat-labile enterotoxin B chain
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Kapoor, S. / Ogbu, C.P. / Vecchio, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138368 米国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Clostridium perfringens Enterotoxin Activation and Oligomerization by Trypsin.
著者: Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Heat-labile enterotoxin B chain
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
F: Heat-labile enterotoxin B chain
G: Heat-labile enterotoxin B chain
H: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,901118
ポリマ－305,2098
非ポリマー10,692110
水6,575365
1
A: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,00521
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,85320
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,29223
ポリマ－38,1511
非ポリマー2,14122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,35114
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,20013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,44315
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,29214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,37612
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,22511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,25913
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,10812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,54915
ポリマ－38,1511
非ポリマー1,39814
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6265
ポリマ－38,1511
非ポリマー4744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.330, 200.330, 254.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-549-

HOH

21D-556-

HOH

31F-526-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 38151.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Tn5 Expression Systems / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.63 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM potassium phosphate monobasic, 100 mM MES monohydrate pH 6.5, and 2.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→66.78 Å / Num. obs: 222147 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 14.09 % / Biso Wilson estimate: 76.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.17
反射 シェル解像度: 2.32→2.403 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 16289 / CC1/2: 0.118

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDS0.82データ削減
pointlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→66.777 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1994 0.9 %
Rwork0.2239 --
obs0.2241 221336 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→66.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17805 0 674 365 18844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55325335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.09110925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.3780.38611370.379715044X-RAY DIFFRACTION97
2.378-2.44230.36741420.367915449X-RAY DIFFRACTION99
2.4423-2.51420.39671410.349815534X-RAY DIFFRACTION100
2.5142-2.59540.37651420.327215591X-RAY DIFFRACTION100
2.5954-2.68810.30861400.301415553X-RAY DIFFRACTION100
2.6881-2.79580.31931430.290615635X-RAY DIFFRACTION100
2.7958-2.9230.28531410.281715626X-RAY DIFFRACTION100
2.923-3.07710.3681430.279715651X-RAY DIFFRACTION100
3.0771-3.26990.28741430.258215673X-RAY DIFFRACTION100
3.2699-3.52240.24811420.221715699X-RAY DIFFRACTION100
3.5224-3.87680.241430.209515750X-RAY DIFFRACTION100
3.8768-4.43770.22561440.183615852X-RAY DIFFRACTION100
4.4377-5.59060.17081460.178415944X-RAY DIFFRACTION100
5.5906-66.7770.2241470.201716341X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.0769 Å / Origin y: 76.0069 Å / Origin z: 25.8684 Å
111213212223313233
T0.4883 Å2-0.013 Å20.03 Å2-0.5493 Å20.0346 Å2--0.4566 Å2
L0.1519 °2-0.1146 °20.006 °2-0.25 °20.0765 °2--0.0043 °2
S-0.009 Å °0.0671 Å °-0.0426 Å °-0.0196 Å °0.0174 Å °-0.0442 Å °-0.006 Å °0.001 Å °-0.0047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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