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- PDB-8u5e: Crystal Structure of C-terminal domain of Clostridium perfringens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u5e
タイトルCrystal Structure of C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin in Space Group P 21 21 21
要素Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
機能・相同性Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / ACETATE ION / Heat-labile enterotoxin B chain
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kapoor, S. / Vecchio, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138368 米国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Clostridium perfringens Enterotoxin Activation and Oligomerization by Trypsin.
著者: Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Heat-labile enterotoxin B chain
D: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,48525
ポリマ－62,7374
非ポリマー1,74821
水12,124673
1
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,10211
ポリマ－31,3692
非ポリマー7349
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heat-labile enterotoxin B chain
D: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,38314
ポリマ－31,3692
非ポリマー1,01412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.630, 64.000, 136.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 15684.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01558
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM sodium chloride, and 1.0 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→59.187 Å / Num. obs: 186626 / % possible obs: 88.96 % / 冗長度: 2.19 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.55
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 5803 / CC1/2: 0.125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDS0.82データ削減
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→59.187 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 3571 1.94 %
Rwork0.1612 --
obs0.1621 183919 83.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→59.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3990 0 111 673 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6425938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0351590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.41850.4816380.43751955X-RAY DIFFRACTION24
1.4185-1.43790.3907430.43532350X-RAY DIFFRACTION28
1.4379-1.45840.4584510.40153256X-RAY DIFFRACTION39
1.4584-1.48020.4439750.38654057X-RAY DIFFRACTION49
1.4802-1.50330.3784870.36294859X-RAY DIFFRACTION59
1.5033-1.5280.4161040.34435530X-RAY DIFFRACTION66
1.528-1.55430.31571220.31186298X-RAY DIFFRACTION76
1.5543-1.58260.35771330.28246952X-RAY DIFFRACTION84
1.5826-1.6130.35461490.26757789X-RAY DIFFRACTION94
1.613-1.6460.29251700.25268205X-RAY DIFFRACTION99
1.646-1.68180.30231700.23888179X-RAY DIFFRACTION99
1.6818-1.72090.27871530.23298134X-RAY DIFFRACTION98
1.7209-1.76390.26681690.21958119X-RAY DIFFRACTION98
1.7639-1.81160.28521660.21237894X-RAY DIFFRACTION96
1.8116-1.86490.24921530.19438107X-RAY DIFFRACTION97
1.8649-1.92510.2271700.16788172X-RAY DIFFRACTION99
1.9251-1.99390.20211650.15668209X-RAY DIFFRACTION99
1.9939-2.07380.20631650.15128057X-RAY DIFFRACTION98
2.0738-2.16820.21011550.14827919X-RAY DIFFRACTION96
2.1682-2.28250.22541620.15078164X-RAY DIFFRACTION98
2.2825-2.42550.21171690.1498144X-RAY DIFFRACTION98
2.4255-2.61280.23741630.15138094X-RAY DIFFRACTION98
2.6128-2.87570.21521570.14877875X-RAY DIFFRACTION95
2.8757-3.29180.16941670.13458136X-RAY DIFFRACTION98
3.2918-4.14710.13141590.11897883X-RAY DIFFRACTION95
4.1471-59.1870.15631560.13588011X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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