PDB-8u5d: Crystal Structure of C-terminal domain of Clostridium perfringens...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u5d

タイトル

Crystal Structure of C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin in Space Group P 41 21 2

要素

Heat-labile enterotoxin B chain

キーワード

TOXIN / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN

機能・相同性

Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / ACETATE ION / Heat-labile enterotoxin B chain

機能・相同性情報

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kapoor, S. / Vecchio, A.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Clostridium perfringens Enterotoxin Activation and Oligomerization by Trypsin.
著者: Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u5d.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u5d.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8u5eC 8u5fC 2quo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heat-labile enterotoxin B chain

B: Heat-labile enterotoxin B chain

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.120, 65.120, 130.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Heat-labile enterotoxin B chain 分子量: 15684.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P01558
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM sodium chloride, and 1.3 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→19.7 Å / Num. obs: 70024 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 1.73 % / B_iso Wilson estimate: 39.63 Å² / CC_1/2: 0.9952 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / Num. unique obs: 5197 / CC_1/2: 0.127

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	0.82	データ削減
pointless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→19.7 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	3735	5.34 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1975	69964	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1949	0	157	136	2242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	2982
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.635	1300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6203	0.4127	141	0.4024	2480	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6203-1.6416	0.4067	137	0.3865	2449	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6416-1.6641	0.3881	140	0.3751	2483	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6641-1.6878	0.4196	138	0.3629	2471	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6878-1.713	0.431	142	0.3576	2464	X-RAY DIFFRACTION	99
1.713-1.7398	0.3872	138	0.3491	2459	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7398-1.7683	0.3707	134	0.3247	2440	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7683-1.7987	0.3833	140	0.3042	2448	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7987-1.8314	0.323	139	0.2896	2431	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8314-1.8666	0.2994	139	0.2717	2508	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8666-1.9047	0.2718	139	0.259	2447	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9047-1.9461	0.2739	132	0.2478	2466	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9461-1.9913	0.2635	137	0.2335	2447	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9913-2.0411	0.2977	143	0.2226	2475	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0411-2.0962	0.2658	135	0.2163	2440	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0962-2.1578	0.2335	136	0.1936	2455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1578-2.2273	0.249	139	0.1894	2454	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2273-2.3068	0.2146	140	0.1864	2465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3068-2.3991	0.2375	143	0.1851	2455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3991-2.508	0.2014	138	0.1872	2484	X-RAY DIFFRACTION	99
2.508-2.64	0.2294	144	0.1748	2451	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.8049	0.1996	137	0.1651	2459	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8049-3.0208	0.2005	139	0.1703	2434	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0208-3.3235	0.2104	141	0.1627	2445	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3235-3.8014	0.1578	135	0.162	2405	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8014-4.7781	0.2145	136	0.1573	2430	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7781-19.7	0.1728	133	0.2054	2384	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.748	0.6166	-0.9067	3.8029	-1.2905	3.8742	0.0551	0.0129	0.2352	0.0153	0.08	-0.0363	-0.2183	0.1761	-0.133	0.1548	-0.0165	0.0349	0.1793	-0.044	0.2181	-6.6452	16.3827	-1.6033
2	1.5357	-0.0901	-0.1964	2.6039	1.512	5.711	0.0304	0.019	-0.0435	0.0438	0.048	0.0491	0.3704	-0.0702	-0.0735	0.161	0.0085	-0.01	0.1952	-0.0145	0.2078	-20.7338	-1.7389	-14.6078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 13:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 3:129)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)