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- PDB-8u4a: Crystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u4a
タイトルCrystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9 in Complex with Cellotriose
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / GH9 / Bacillus licheniformis
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 ...Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Araujo, E.A. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)158752/2015-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/08780-1 ブラジル
引用ジャーナル: Carbohydr Polym / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of cellulose depolymerization by the two-domain BlCel9A enzyme from the glycoside hydrolase family 9.
著者: de Araujo, E.A. / Cortez, A.A. / Pellegrini, V.O.A. / Vacilotto, M.M. / Cruz, A.F. / Batista, P.R. / Polikarpov, I.
履歴
登録2023年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6167
ポリマ－69,8511
非ポリマー7656
水12,358686
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.114, 67.178, 100.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1393-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 69850.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 (バクテリア)
株: ATCC 14580 / 遺伝子: celA, BL01232 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65JI9, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 691分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6 mg/mL protein, 100 mM Tris, pH 8.5, 15% w/v PEG20000, crystal growth within ~5 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45867 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 48767 / % possible obs: 94.25 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 19.31 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.0716 / Rpim(I) all: 0.0352 / Rrim(I) all: 0.0803 / Net I/σ(I): 16.75
反射 シェル解像度: 1.97→5.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 16.82 / Num. unique obs: 48605 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.8 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JS4

1js4


解像度: 1.97→49.19 Å / SU ML: 0.2144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 2435 5 %
Rwork0.1488 46269 -
obs0.1508 48704 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4912 0 46 686 5644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01475177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20697059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0684710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.26161829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.010.37921180.25912234X-RAY DIFFRACTION77.55
2.01-2.050.24331240.20062358X-RAY DIFFRACTION82.84
2.05-2.10.24441260.20542405X-RAY DIFFRACTION83.64
2.1-2.150.21531340.17592530X-RAY DIFFRACTION88.07
2.15-2.210.23231370.17362605X-RAY DIFFRACTION91.07
2.21-2.280.35191340.28892548X-RAY DIFFRACTION88.51
2.28-2.350.20961450.15742750X-RAY DIFFRACTION96.08
2.35-2.440.18331500.14182839X-RAY DIFFRACTION98.81
2.44-2.530.18711490.14162839X-RAY DIFFRACTION98.78
2.53-2.650.19371510.13632859X-RAY DIFFRACTION98.37
2.65-2.790.17171510.14322874X-RAY DIFFRACTION99.97
2.79-2.960.17961520.14752892X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.190.18611520.14072895X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.19391520.13112877X-RAY DIFFRACTION99.8
3.51-4.020.14061510.12022889X-RAY DIFFRACTION99.67
4.02-5.060.12481530.10662911X-RAY DIFFRACTION99.64
5.07-49.190.17681560.15052964X-RAY DIFFRACTION99.3
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1614474585 Å / Origin y: -0.737481805426 Å / Origin z: 20.8634948066 Å
111213212223313233
T0.0744174488616 Å2-0.00502413970519 Å2-0.0186729763765 Å2-0.0590375086778 Å2-0.00893753955586 Å2--0.0891828196882 Å2
L0.178351373417 °20.0326218059719 °2-0.0872578079634 °2-0.224791158832 °2-0.14522905945 °2--0.523143084156 °2
S0.017679565274 Å °-0.0050270427494 Å °0.00917933469814 Å °-0.00392983467965 Å °-0.0156893356237 Å °0.0164736300694 Å °0.0225438267998 Å °-0.0267929386419 Å °-0.0973522142325 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 4:617)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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