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- PDB-8u49: The Apo Crystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u49
タイトルThe Apo Crystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / GH9 / Bacillus licheniformis
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 ...Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Araujo, E.A. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)158752/2015-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/08780-1 ブラジル
引用ジャーナル: Carbohydr Polym / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of cellulose depolymerization by the two-domain BlCel9A enzyme from the glycoside hydrolase family 9.
著者: de Araujo, E.A. / Cortez, A.A. / Pellegrini, V.O.A. / Vacilotto, M.M. / Cruz, A.F. / Batista, P.R. / Polikarpov, I.
履歴
登録2023年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,54412
ポリマ－69,8511
非ポリマー69311
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.571, 67.406, 100.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1200-

HOH

21A-1219-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 69850.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 (バクテリア)
株: ATCC 14580 / 遺伝子: celA, BL01232 / プラスミド: pETTrx-1a/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65JI9, cellulase

-
非ポリマー , 7種, 432分子

#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6 mg/mL protein, 100 mM Tris, pH 8.5, 15% w/v PEG20000, crystal growth within ~5 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.87 Å / Num. obs: 66792 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.06 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1825 / Rpim(I) all: 0.08224 / Rrim(I) all: 0.2009 / Net I/av σ(I): 0.82 / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル解像度: 1.8→5.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.31 / Num. unique obs: 66792 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JS4

1js4


解像度: 1.8→36.87 Å / SU ML: 0.2461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.379
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 3338 5 %
Rwork0.1726 63404 -
obs0.1743 66742 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4921 0 40 421 5382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79397042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.76881841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.4161170.39862227X-RAY DIFFRACTION82.68
1.83-1.850.3611290.34312450X-RAY DIFFRACTION93.75
1.85-1.880.3471380.3082625X-RAY DIFFRACTION97.19
1.88-1.910.31241390.27352629X-RAY DIFFRACTION97.91
1.91-1.950.29461360.26632598X-RAY DIFFRACTION97.78
1.95-1.980.29161370.27372594X-RAY DIFFRACTION95.76
1.98-2.020.2951380.2492614X-RAY DIFFRACTION97.9
2.02-2.060.26491380.19742628X-RAY DIFFRACTION99.6
2.06-2.110.22171420.1942695X-RAY DIFFRACTION99.68
2.11-2.160.27071390.17992648X-RAY DIFFRACTION99.71
2.16-2.210.24081420.17332684X-RAY DIFFRACTION99.75
2.21-2.270.23461390.17442658X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.340.20781440.16582731X-RAY DIFFRACTION99.93
2.34-2.410.21261410.162666X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.50.19651400.16692667X-RAY DIFFRACTION99.89
2.5-2.60.24091400.1742667X-RAY DIFFRACTION99.75
2.6-2.720.17181420.16452693X-RAY DIFFRACTION99.89
2.72-2.860.18741410.16692672X-RAY DIFFRACTION99.75
2.86-3.040.21141420.17312704X-RAY DIFFRACTION99.72
3.04-3.270.20131410.16442687X-RAY DIFFRACTION99.4
3.27-3.60.16211410.15262672X-RAY DIFFRACTION99.29
3.6-4.120.16631410.13362676X-RAY DIFFRACTION99.12
4.12-5.190.14641440.11922728X-RAY DIFFRACTION99.86
5.19-36.870.15721470.14392791X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.152936933 Å / Origin y: -0.869924039897 Å / Origin z: 21.1024305213 Å
111213212223313233
T0.174257126718 Å2-0.00595862416876 Å2-0.0094293131399 Å2-0.157880105458 Å2-0.0134280156117 Å2--0.191057757144 Å2
L0.202806108676 °20.0384654600129 °2-0.194306873142 °2-0.231478336355 °2-0.238920858816 °2--0.723519810374 °2
S0.0138251456387 Å °0.000975134595573 Å °0.0148069748198 Å °-0.0169634853286 Å °-0.0203708432568 Å °-0.0107524432712 Å °0.0223118623339 Å °-0.00709100898075 Å °0.00666476918062 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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