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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u41 | |||||||||
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タイトル | OvsA from Halomonas utahensis, an ovoselenol-biosynthetic selenoxide synthase in complex with histidine | |||||||||
要素 | Selenoxide synthase OvsA | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ovoselenol / selenium / selenoxide / nonheme iron | |||||||||
機能・相同性 | : / FORMIC ACID / HISTIDINE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Halomonas utahensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Ireland, K.A. / Davis, K.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024 タイトル: Discovery of the selenium-containing antioxidant ovoselenol derived from convergent evolution 著者: Kayrouz, C.M. / Ireland, K.A. / Ying, V.Y. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u41.cif.gz | 210.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u41.ent.gz | 152.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u41_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u41_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u41_validation.xml.gz | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u41_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/8u41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/8u41 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u42C 8ux5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54745.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halomonas utahensis (バクテリア) 株: DSM 3051 / 遺伝子: CK501_04640 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 93分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.2 % / 解説: Clear hexagonal rods |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.8, 3.9 M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月18日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→69.34 Å / Num. obs: 47873 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 74.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02925 / Rpim(I) all: 0.02925 / Rrim(I) all: 0.04136 / Net I/σ(I): 16.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.817 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5307 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4740 / CC1/2: 0.654 / CC star: 0.889 / Rpim(I) all: 0.5307 / Rrim(I) all: 0.7505 / % possible all: 99.92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→69.34 Å / SU ML: 0.468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.0053 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→69.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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