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- PDB-8u3p: 1.79 Angstrom resolution crystal structure of KatG from Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u3p
タイトル1.79 Angstrom resolution crystal structure of KatG from Mycobacterium tuberculosis with an MYW cofactor after heat incubation for 60 minutes
要素Catalase-peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Met-Tyr-Trp cofactor / heme-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Liu, A. / Li, J. / Ran, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108988 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Indole N-Linked Hydroperoxyl Adduct of Protein-Derived Cofactor Modulating Catalase-Peroxidase Functions.
著者: Li, J. / Duan, R. / Traore, E.S. / Nguyen, R.C. / Davis, I. / Griffth, W.P. / Goodwin, D.C. / Jarzecki, A.A. / Liu, A.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase
B: Catalase-peroxidase
C: Catalase-peroxidase
D: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,36633
ポリマ－323,0064
非ポリマー4,36029
水61,9903441
1
A: Catalase-peroxidase
D: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,82118
ポリマ－161,5032
非ポリマー2,31816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15010 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area49230 Å2
手法PISA
2
B: Catalase-peroxidase
C: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,54515
ポリマ－161,5032
非ポリマー2,04213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14120 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area49570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.580, 150.580, 311.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Catalase-peroxidase


分子量: 80751.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: katG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5ZBI4

-
非ポリマー , 5種, 3470分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15 mg/mL protein, 6% PEG4000, 0.1 M sodium acetate, 0.17 mM N-dodecyl-B-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 318454 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.964 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.24 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 1971087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.826.50.724157200.7670.9320.3020.7870.38395.5
1.82-1.856.60.658157230.7970.9420.2730.7150.41395.5
1.85-1.896.50.625157680.8120.9470.2690.6840.48795.5
1.89-1.936.50.568156720.8230.950.2380.6180.55395.1
1.93-1.976.40.494157160.8550.960.2070.5370.54595.2
1.97-2.026.20.44156540.8730.9650.1860.480.5994.7
2.02-2.075.80.433156340.3340.7070.1940.4770.74594.5
2.07-2.126.40.411156830.8770.9670.1660.4450.72694.6
2.12-2.186.30.322156410.9260.9810.1330.350.68294.6
2.18-2.266.20.314156510.9290.9810.1310.3410.78694.5
2.26-2.346.10.275156000.9450.9860.1150.2990.78594.1
2.34-2.435.90.253156830.9440.9860.1080.2770.82694.4
2.43-2.545.60.244156420.9370.9840.1070.2681.04894.2
2.54-2.6760.232158260.9410.9850.0980.2530.98995
2.67-2.845.90.214158790.9470.9860.0910.2331.06395.2
2.84-3.065.70.211161590.9460.9860.0930.2321.23496.7
3.06-3.375.40.19162760.9490.9870.0860.2091.52697
3.37-3.8660.179166320.9640.9910.0770.1951.70298.7
3.86-4.866.20.177166660.970.9920.0730.1922.10598
4.86-507.40.168172290.9810.9950.0640.182.55497.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829-000)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT4.1データ抽出
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SJ2

1sj2


解像度: 1.79→49.554 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2000 0.63 %
Rwork0.1787 --
obs0.179 318306 95.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→49.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22116 0 294 3441 25851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91331372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.96614647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7905-1.83520.33181400.270522159X-RAY DIFFRACTION95
1.8352-1.88490.29531410.244722324X-RAY DIFFRACTION95
1.8849-1.94030.28561410.228422307X-RAY DIFFRACTION95
1.9403-2.0030.25091410.216322281X-RAY DIFFRACTION95
2.003-2.07450.25391410.198622192X-RAY DIFFRACTION95
2.0745-2.15760.21751400.184222205X-RAY DIFFRACTION95
2.1576-2.25580.24221410.18322243X-RAY DIFFRACTION95
2.2558-2.37470.22851400.180222179X-RAY DIFFRACTION94
2.3747-2.52350.21161400.181922240X-RAY DIFFRACTION94
2.5235-2.71830.22221420.180422468X-RAY DIFFRACTION95
2.7183-2.99190.22351440.180322745X-RAY DIFFRACTION96
2.9919-3.42470.20371470.168923135X-RAY DIFFRACTION97
3.4247-4.31440.20521490.146423682X-RAY DIFFRACTION99
4.3144-49.5540.18061530.162424146X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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