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- PDB-8u31: Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u31
タイトルCrystal structure of PD-1 in complex with a Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Programmed cell death protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / PD-1 / Fab / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Sun, D. / Masureel, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Structure- and machine learning-guided engineering demonstrate that a non-canonical disulfide in an anti-PD-1 rabbit antibody does not impede antibody developability.
著者: Liang, W.C. / Xi, H. / Sun, D. / D'Ascenzo, L. / Zarzar, J. / Stephens, N. / Cook, R. / Li, Y. / Ye, Z. / Matsumoto, M. / Payandeh, J. / Masureel, M. / Wu, Y.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Fab light chain
C: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3984
ポリマ－63,3063
非ポリマー921
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.069, 104.069, 143.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1


分子量: 15765.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23509.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24030.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→42.13 Å / Num. obs: 80752 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 59.23 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.658 / Num. unique obs: 8206 / CC1/2: 0.794

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_final精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→42.13 Å / SU ML: 0.4094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0691
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1460 4.85 %
Rwork0.199 28625 -
obs0.2008 30085 88.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→42.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4085 0 6 44 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93875716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2764584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.830.37741610.32862895X-RAY DIFFRACTION91.44
2.83-2.940.35811640.29822969X-RAY DIFFRACTION91.08
2.94-3.070.32511460.27592870X-RAY DIFFRACTION90.38
3.07-3.230.34141270.24532879X-RAY DIFFRACTION88.02
3.23-3.440.25821470.23992900X-RAY DIFFRACTION89.64
3.44-3.70.28741670.21172892X-RAY DIFFRACTION90.21
3.7-4.070.22111510.18852864X-RAY DIFFRACTION89.12
4.08-4.660.16321220.15092830X-RAY DIFFRACTION87.03
4.66-5.870.19681680.15072751X-RAY DIFFRACTION86.36
5.87-42.130.18031070.17842775X-RAY DIFFRACTION84.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.505070666871.2563439304-0.5289392047734.55513523052-1.777714869013.5882252747-0.3302914541060.594875516648-0.455241176693-0.9510044743370.267170091-1.94454610347-0.437529791650.161719584776-0.01708632813540.986488808091-0.1448234715550.2653811925180.743578775233-0.1132926032260.850518381245-2.2466027383398.2769813067-11.0929131833
24.320088733664.992260646951.144077342665.797110138141.118849594051.02362998742-0.7586870779480.8756411202360.890496671762-0.3205692887760.4516943230070.383666203036-0.2760541172720.07771817397780.1851022236360.800364907898-0.1384831369220.08045339022080.8880803380820.0663005358330.40019898727-10.539223102199.1725074385-2.27418133878
35.807383944733.01174312904-3.226029323711.81169501495-1.034269889183.431566617570.523861567417-0.218908809449-1.357459074930.708123688937-0.668976964449-0.349225970509-0.1667437148381.569711006750.05665475156930.873163702706-0.0415746618443-0.02081132350910.922422709978-0.009748387434820.8489449495612.6057135600199.69389284212.46369755401
42.842659898740.634568257734-1.693237504721.87909447235-1.779506847852.293491541280.0346103378050.3175207138480.662491670644-0.4932452653930.108544893241-0.248584465548-0.2559716157570.268429341927-0.04609909827410.73144504258-0.1145579578060.06851756770550.622018686853-0.006690440093050.637352096314-5.07596705095101.908960678-5.59382987469
57.465474613270.425743218793-1.643969428323.83351352619-0.2463884518635.251633214880.123155805014-0.6884857087881.647509456350.6522661515050.251412478513-0.296256845493-0.3343379970140.335849020828-0.3782856287170.5202756076070.0691215847774-0.1032431341510.3416996402730.03065594849380.614863260345-14.328216336294.633345776731.6312351068
60.734527526503-1.29300245535-0.4757982793343.177072125360.05274918388854.95979817796-0.0899919012188-0.06404035512320.02990467844650.01540811310340.177609080480.0863671076335-0.1725939410270.0137149348961-0.177921094860.269736225242-0.0364795497514-0.006087229770220.362675856289-0.04553219199470.351735373146-15.705156707493.031386822621.1403368263
72.58616664003-0.106506422595-0.5940258284172.70466700031-0.5884401099282.76027245340.263041875260.0188316850840.4180477921810.783881722412-0.389838415219-0.49545353753-0.7392886698790.2839224489270.2270198703590.629975412011-0.0970632933061-0.04307574242810.5063730401450.01236973122560.434231883224-8.5069820218478.456227391250.1821312977
82.292303692470.01278894394410.5222670378282.55928731880.3521359145513.816929841160.46169265146-0.262592441297-0.3830767116650.555413133294-0.423117510716-0.497288578493-0.3097278077260.6684993370910.0903828394720.428487524444-0.130066472063-0.1061850120860.5553739102770.1382620375690.571248878831-3.7628408375172.013169453548.4962369314
92.07633217247-1.167952970620.6822589110613.51020999909-1.50538281133.245249658080.554094858664-0.2269765699820.07003037820061.12253464077-0.146873218286-0.40297412447-0.8724640238840.581832947824-0.1837591443270.938902965021-0.241257530115-0.05686720165090.66310658435-0.008671452614150.776822990214-2.8651029003780.86478901553.9816476358
101.929446119351.275789988211.479714468192.86625062103-0.8213913811653.794984173140.1284011651190.310789570481-0.870696328157-0.7549121833320.1105303813840.394821244020.5025107463620.124676165766-0.1185701977810.5519612738410.0172772903240.04170079336670.403367986726-0.02473403245560.637632734437-10.822645290767.171357060817.6566340404
113.349573920730.7127324447240.4782118770213.415565376080.5609634298843.17700220092-0.1702693090410.264883491641-0.808062921666-0.5545589533630.277598154513-0.2483022931630.0244212418488-0.162639780358-0.0340592730890.431233678657-0.08738135791210.05557606111450.517461543126-0.005578240750090.456932976098-14.323707075276.187021927310.2796231561
121.62032136334-1.6107126533-0.1772720122854.73375262815-1.201207657250.624924671361-0.1650872342730.06234602478760.3498447247420.1634804154810.265573200453-0.1180880123770.0565761326491.11085033425-0.09970092841740.449647922834-0.05783927702660.005469103796670.510694950498-0.01417695134060.570100474038-4.8836238558881.019444363319.6399794193
130.949716500968-0.3278173024472.181871213860.876584644612-0.2654152366555.43649764277-0.559307999743-0.4221056576810.398144102141-0.1553525781410.00768833051463-1.27496609966-0.6175217931610.9621701103740.0547332460220.676760608582-0.06597381153150.1981981770950.839664920341-0.08401535382830.740370675652-0.43392488921479.84770827048.92732797175
140.9193518677590.325038981516-0.1673890604411.8097232629-1.467496506682.09428241074-0.1182434930550.181723118008-0.202025768341-0.199888742456-0.173395819396-0.05222415443690.4348042043790.3880341895690.2465015347280.4297750726360.03405239200760.04536360211160.467163715622-0.0401269999370.415491953557-9.0446121264272.015315956417.1907143961
153.273446551031.11182354821-2.259895561222.22837843268-2.40012318394.665376757890.0882474002921-0.14169547149-0.3036037273930.251339159352-0.300997033726-0.0895786321836-0.4130235241390.09365234012930.1928644761850.4162494157980.0738805709335-0.04527450839450.4412013970810.03752013052690.458739498514-11.967811867663.866750798149.3670666973
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 30 through 55 )AA30 - 551 - 28
22chain 'A' and (resid 56 through 70 )AA56 - 7029 - 43
33chain 'A' and (resid 71 through 81 )AA71 - 8144 - 54
44chain 'A' and (resid 82 through 143 )AA82 - 14355 - 110
55chain 'C' and (resid 1 through 17 )CC1 - 171 - 17
66chain 'C' and (resid 18 through 125 )CC18 - 12518 - 125
77chain 'C' and (resid 126 through 171 )CC126 - 171126 - 163
88chain 'C' and (resid 172 through 207 )CC172 - 207164 - 199
99chain 'C' and (resid 208 through 228 )CC208 - 228200 - 220
1010chain 'B' and (resid 1 through 18 )BB1 - 181 - 18
1111chain 'B' and (resid 19 through 40 )BB19 - 4019 - 40
1212chain 'B' and (resid 41 through 51 )BB41 - 5141 - 51
1313chain 'B' and (resid 52 through 63 )BB52 - 6352 - 63
1414chain 'B' and (resid 64 through 117 )BB64 - 11764 - 117
1515chain 'B' and (resid 118 through 154 )BB118 - 154118 - 154
1616chain 'B' and (resid 155 through 178 )BB155 - 178155 - 178
1717chain 'B' and (resid 179 through 216 )BB179 - 216179 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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