+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u31 | ||||||
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Title | Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / PD-1 / Fab / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.73 Å | ||||||
Authors | Sun, D. / Masureel, M. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mabs / Year: 2024 Title: Structure- and machine learning-guided engineering demonstrate that a non-canonical disulfide in an anti-PD-1 rabbit antibody does not impede antibody developability. Authors: Liang, W.C. / Xi, H. / Sun, D. / D'Ascenzo, L. / Zarzar, J. / Stephens, N. / Cook, R. / Li, Y. / Ye, Z. / Matsumoto, M. / Payandeh, J. / Masureel, M. / Wu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8u31.cif.gz | 266.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8u31.ent.gz | 179.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8u31.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u31 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8u32C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15765.327 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDCD1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q15116 |
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#2: Antibody | Mass: 23509.783 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#3: Antibody | Mass: 24030.955 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.73→42.13 Å / Num. obs: 80752 / % possible obs: 88.7 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 59.23 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.73→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.658 / Num. unique obs: 8206 / CC1/2: 0.794 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.73→42.13 Å / SU ML: 0.4094 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.0691 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→42.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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