PDB-8u2w: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fascic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u2w

タイトル

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fasciculata (NADP bound)

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Crithidia fasciculata (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fasciculata (NADP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u2w.cif.gz	402.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u2w.ent.gz	326.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u2w_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u2w_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8u2w_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	8u2w_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.332, 123.258, 162.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77206.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / プラスミド: CrfaA.01031.a.HZ1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Berkeley H8: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.6, 200 mM Ammonium acetate. CrfaA.01031.a.HZ1.PW39196 at 19.7 mg/mL. plate 13383 well H8 drop 2. Puck: PSL- ...詳細: Berkeley H8: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.6, 200 mM Ammonium acetate. CrfaA.01031.a.HZ1.PW39196 at 19.7 mg/mL. plate 13383 well H8 drop 2. Puck: PSL-1713, Cryo: Direct. 2mM NADPH and BG6 added prior to crystallization. No BG6 bound and NADPH is partially disordered.

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.35 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Berkeley H8: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.6, 200 mM Ammonium acetate. CrfaA.01031.a.HZ1.PW39196 at 19.7 mg/mL. plate 13383 well H8 drop 2. Puck: PSL- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→86.47 Å / Num. obs: 50896 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 694617
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 1.911 / Num. measured all: 49526 / Num. unique obs: 3733 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.544 / R_rim(I) all: 1.988 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4933: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→33.87 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	2524	4.97 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.2167	50792	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7525	0	62	55	7642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	10503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.415	2865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4	0.3849	124	0.3446	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3372	156	0.3199	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.3554	148	0.2928	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.56	0.334	139	0.2768	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.62	0.2876	116	0.2634	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.69	0.303	176	0.2551	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.77	0.3091	113	0.2725	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.86	0.3074	119	0.2707	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.96	0.2966	156	0.2805	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.08	0.2983	123	0.2625	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.22	0.2911	123	0.266	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.39	0.2994	155	0.2498	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.6	0.3004	134	0.2328	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.88	0.2697	145	0.2116	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.27	0.2057	131	0.1767	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.88	0.1703	158	0.1491	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-6.15	0.2205	143	0.193	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-33.87	0.2119	165	0.1859	2787	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2181	-0.3732	-0.685	6.4061	2.9175	6.7727	0.1284	-0.2507	0.2102	0.3213	-0.1456	-0.1813	0.2374	0.034	-0.0385	0.7606	-0.0518	-0.0448	0.5796	0.0079	0.3067	1.4136	48.8641	8.0077
2	0.7603	-0.4976	-0.1654	1.1092	0.4574	3.1379	0.0825	-0.415	-0.2142	1.3158	0.112	-0.0872	0.7769	0.4872	-0.1163	1.1281	0.1736	-0.1575	0.7016	0.0978	0.484	4.6516	38.5666	16.6766
3	0.6643	0.1725	-0.1863	1.4366	1.2726	2.8194	-0.0343	-0.3457	-0.0958	0.5183	-0.2654	0.0986	0.7941	-0.3333	0.3205	0.7014	-0.0265	0.0634	0.5366	0.0422	0.4114	-5.8678	39.0773	-2.7668
4	1.6144	0.3663	-0.4968	1.2893	-0.5703	2.0692	-0.233	-0.3395	-0.3027	0.219	-0.0204	-0.0934	0.8091	0.1693	0.1625	0.8257	0.1121	0.0831	0.3755	0.0486	0.4545	5.0163	29.1635	-21.4373
5	7.3279	1.1826	-3.5009	4.2509	-2.0601	8.952	-0.2058	-0.0145	-0.7352	-0.2683	-0.2357	-0.6001	0.3014	1.1096	0.5283	0.5227	0.0938	0.0165	0.5542	0.0618	0.5783	22.5427	43.0394	-31.3409
6	1.3901	-0.2199	-0.2283	1.9529	-0.2063	2.5235	-0.1441	-0.1417	-0.4251	-0.1478	-0.1064	-0.0879	0.8322	0.157	0.1064	0.8771	0.1141	0.1594	0.398	0.1349	0.5662	-0.2263	28.2006	-16.0145
7	3.4474	-0.0506	-0.0454	1.9742	-0.6652	3.3105	-0.4971	-0.3204	-0.7262	-0.5764	-0.6289	-0.908	0.615	1.2652	0.7644	0.5583	0.205	0.3476	1.1192	0.4061	1.2127	51.9431	51.4369	-52.1848
8	1.6231	0.3678	-0.9802	1.5172	-0.5466	1.9936	-0.0804	-0.0527	0.0137	-0.0602	-0.0718	-0.2742	-0.1389	0.3862	0.0667	0.3949	-0.0468	-0.0426	0.4389	0.0304	0.3965	24.6565	63.0187	-44.1391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 328 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 329 through 442 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 443 through 481 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 482 through 550 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 173 through 549 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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