PDB-8u2v: Crystal Structure of methylglyoxal synthase from Borrelia burgdorferi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u2v

タイトル

Crystal Structure of methylglyoxal synthase from Borrelia burgdorferi

要素

Methylglyoxal synthase

キーワード

LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / methylglyoxal

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of methylglyoxal synthase from Borrelia burgdorferi
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Cooper, A. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u2v.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u2v.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u2v_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u2v_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	8u2v_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	8u2v_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

C: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.866, 110.866, 91.256
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Methylglyoxal synthase 分子量: 16282.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: mgsA / プラスミド: BobuA.00692.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51339
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus Fusion D7: 20% (v/v) Ethylene glycol; 10% (w/v) PEG 8000, 0.05M Tris (base); 0.05M BICINE pH 8.5, 0.01M Sodium fluoride, 0.01M Sodium bromide, 0.01M Sodium iodide, 0.2 M xylitol, 0. ...詳細: Morpheus Fusion D7: 20% (v/v) Ethylene glycol; 10% (w/v) PEG 8000, 0.05M Tris (base); 0.05M BICINE pH 8.5, 0.01M Sodium fluoride, 0.01M Sodium bromide, 0.01M Sodium iodide, 0.2 M xylitol, 0.02 M D-{-)-fructose, 0.02 M D-sorbitol, 0.02 M myo-inositol, 0.02 M L-rhamnose monohydrate. BobuA.00692.a.A1.PB00123 at 15 mg/mL. plate 13451 well D7 drop1. Puck: PSL-0612, Cryo: direct.

結晶

マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.15 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus Fusion D7: 20% (v/v) Ethylene glycol; 10% (w/v) PEG 8000, 0.05M Tris (base); 0.05M BICINE pH 8.5, 0.01M Sodium fluoride, 0.01M Sodium bromide, 0.01M Sodium iodide, 0.2 M xylitol, 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月6日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.58 Å / Num. obs: 20304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 482366
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.5 % / R_merge(I) obs: 2.994 / Num. measured all: 57466 / Num. unique obs: 2255 / CC_1/2: 0.771 / R_pim(I) all: 0.601 / R_rim(I) all: 3.055 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4933: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→34.25 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	988	4.89 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.1998	20222	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2948	0	3	14	2965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.556	4042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.321	1121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	478
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.63	0.3832	133	0.3483	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.3081	139	0.2641	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.295	138	0.2532	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.2759	154	0.2352	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.79	0.2921	132	0.2156	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.78	0.1838	146	0.1674	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-34.25	0.2099	146	0.1696	2905	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.809	-0.6407	-0.5175	4.9491	0.6698	5.4189	-0.01	-1.0273	-1.3975	0.0553	-0.1383	-0.2258	0.3381	0.1988	0.1656	0.5732	0.017	0.1693	0.7388	0.2517	1.0793	-16.4765	-36.5191	9.4544
2	6.7684	5.9149	5.5377	6.5609	5.1395	4.5936	0.1013	-0.5837	0.4706	0.498	-0.7657	0.3871	0.4416	-0.1811	0.4601	0.6504	-0.0303	0.0693	0.7205	0.1518	0.9809	-6.2299	-29.3736	0.6606
3	5.1794	-1.1377	-2.4316	1.3306	-0.4167	3.3928	-0.0942	-0.4436	-0.4985	0.1941	-0.093	0.0423	-0.0756	0.1563	0.1794	0.562	-0.0477	0.016	0.5655	0.048	0.765	-15.4456	-23.9103	1.2851
4	8.8567	2.8471	1.683	4.7216	5.6296	9.1407	-0.1198	-0.1228	-1.6725	1.2825	-0.2132	1.8847	1.1561	-0.692	0.2122	0.6951	-0.0474	0.1287	0.5777	0.0696	1.2696	-29.233	-34.1881	2.3366
5	8.0678	1.619	-0.5066	7.0457	-0.1577	5.7645	-0.4777	-0.3797	0.7414	0.438	0.0932	-0.8629	-0.1497	0.2932	0.3459	0.5479	0.0107	-0.1955	0.6146	0.1378	1.1042	18.0812	-5.4152	9.1332
6	5.6856	-1.9071	-5.6157	1.8703	1.7812	5.5811	-0.821	-0.9997	-0.1269	0.5937	-0.4611	-0.6705	-0.7597	0.9184	1.1524	0.759	0.0382	-0.2289	0.8203	0.0893	1.183	6.5382	2.4348	3.2661
7	2.3417	-3.3134	1.8453	4.7368	-2.751	3.9448	-0.1936	0.2029	0.584	-0.0935	-0.0635	-0.5205	-0.0276	-0.2738	0.2497	0.5589	-0.0296	-0.0238	0.678	0.1163	0.9106	6.2123	-7.9774	0.4596
8	6.2571	0.0826	-4.9154	7.013	-0.0109	4.0213	0.1018	-0.3549	-1.2691	0.0528	-0.8427	-1.9786	-0.4162	1.3561	0.7244	0.6438	-0.0307	-0.0427	0.9513	0.3295	1.1973	21.8328	-15.0326	-1.9125
9	7.4371	0.0528	-0.3791	5.1863	-1.6166	4.9589	0.6123	-0.5446	1.1528	-0.2706	-0.2945	1.2283	0.031	-1.1873	0.1396	0.6556	0.0771	-0.1465	0.8419	-0.259	0.6274	-27.7021	9.0277	8.9534
10	4.3857	-0.4716	-0.4739	5.9772	0.715	4.5769	0.0701	-0.6088	0.3893	0.5294	-0.1416	0.0373	-0.0939	-0.0878	0.0695	0.8393	-0.0155	-0.0366	0.8165	-0.1789	0.7755	-25.0079	7.1076	18.0513
11	7.2794	1.0214	-3.2832	4.6244	-4.4345	5.0885	-0.3771	0.0864	0.2106	0.2772	-0.0591	0.5795	0.3123	-0.1575	0.5858	0.6883	-0.0411	-0.1445	0.6071	-0.0822	0.9845	-28.4894	-0.6008	4.2279
12	2.2056	1.7398	0.5564	2.2595	0.9513	2.0275	-0.0772	-0.3115	0.1694	0.0264	-0.0672	0.5049	0.1961	-0.2726	0.1139	0.6692	0.026	-0.0984	0.6369	-0.1104	0.6839	-18.2395	2.5688	5.2766
13	3.0855	-4.711	0.5077	7.9189	-2.7581	7.7255	-0.2324	-1.0681	1.7397	0.1719	0.252	0.3016	-0.9676	-0.3668	-0.0452	0.9198	0.0736	-0.2745	0.7852	-0.1888	1.2372	-19.7841	19.4588	8.4312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 54 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 71 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 72 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 0 through 10 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 11 through 60 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 61 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 72 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 111 through 126 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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