+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u2b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of C.crescentus bNY30a pilus complex | ||||||
要素 | Flp family type IVb pilin | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Complex | ||||||
機能・相同性 | Flp/Fap pilin component / Flp/Fap pilin component / membrane / Flp family type IVb pilin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structural mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with an RNA virus. 著者: Yuhang Wang / Matthew Theodore / Zhongliang Xing / Utkarsh Narsaria / Zihao Yu / Lanying Zeng / Junjie Zhang / 要旨: Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV ... Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV pilins, Tad pilins lack the typical globular β sheet domain responsible for pilus assembly and phage binding. The mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with phage ΦCb5 have been elusive. Using cryo-electron microscopy, we unveiled the Tad pilus assembly mechanism, featuring a unique network of hydrogen bonds at its core. We then identified the Tad pilus binding to the ΦCb5 maturation protein (Mat) through its β region. Notably, the amino terminus of ΦCb5 Mat is exposed outside the capsid and phage/pilus interface, enabling the attachment of fluorescent and affinity tags. These engineered ΦCb5 virions can be efficiently assembled and purified in , maintaining infectivity against , which presents promising applications, including RNA delivery and phage display. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u2b.cif.gz | 240.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8u2b.ent.gz | 204.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u2b_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8u2b_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u2b_validation.xml.gz | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u2b_validation.cif.gz | 78 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41844MC 8ucrC 8uejC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4379.140 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A290MFS9 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Caulobacter crescentus pili / タイプ: COMPLEX / 詳細: Caulobacter crescentus pili in buffer / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM tris, 2mM MgCl2 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 25000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 51.96 ° / 軸方向距離/サブユニット: 14.69 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 392496 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|