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万見
- PDB-8u1t: SARS-CoV-2 Envelope Protein Transmembrane Domain: Dimeric Structu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u1t
タイトルSARS-CoV-2 Envelope Protein Transmembrane Domain: Dimeric Structure Determined by Solid-State NMR
要素Envelope small membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / E protein / Transmembrane domain (膜貫通型ドメイン) / Membrane protein (膜タンパク質) / PISEMA / PISA wheel / DARR
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly / Regulation of gap junction activity / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Maturation of protein E / monoatomic ion channel activity ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly / Regulation of gap junction activity / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Maturation of protein E / monoatomic ion channel activity / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Attachment and Entry / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Zhang, R. / Qin, H. / Prasad, R. / Fu, R. / Zhou, H.X. / Cross, T.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119187 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122698 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118091 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR1644779 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR2128556 米国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Dimeric Transmembrane Structure of the SARS-CoV-2 E Protein.
著者: Zhang, R. / Qin, H. / Prasad, R. / Fu, R. / Zhou, H.X. / Cross, T.A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Dimeric Transmembrane Structure of the SARS-CoV-2 E Protein.
著者: Zhang, R. / Qin, H. / Prasad, R. / Fu, R. / Zhou, H.X. / Cross, T.A.
履歴
登録2023年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope small membrane protein
B: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1782
ポリマ－6,1782
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 3088.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: E, 4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC4

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic22D 1H-15N PISEMA
122anisotropic22D 1H-15N PISEMA
133anisotropic22D 1H-15N PISEMA
144anisotropic22D 1H-15N PISEMA
155anisotropic22D 1H-15N PISEMA
166anisotropic22D 1H-15N PISEMA
177anisotropic22D 1H-15N PISEMA
188anisotropic12D 1H-13C DARR
1910anisotropic12D 1H-13C DARR
1109anisotropic12D 1H-13C DARR
21111anisotropic21D zg

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
liposome180 ug/mL [U-100% 15N] SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N_ETMAqueous buffer
liposome280 ug/mL [U-15N]-Ile SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Ile_ETMAqueous buffer
liposome380 ug/mL [U-15N]-Phe SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Phe_ETMAqueous buffer
liposome480 ug/mL [U-15N]-Ala SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Ala_ETMAqueous buffer
liposome580 ug/mL [U-15N]-Val SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Val_ETMAqueous buffer
liposome680 ug/mL [U-15N]-Thr SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Thr_ETMAqueous buffer
liposome780 ug/mL [U-15N]-Leu SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer15N-Leu_ETMAqueous buffer
liposome840 ug/mL [U-13C]-Leu, [U-13C]-Val SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer13C-Leu_13C-Val_ETMAqueous buffer
liposome920 ug/mL [U-13C]-Leu, [U-13C]-Phe SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer13C-Leu_13C-Phe_ETMAqueous buffer
liposome1020 ug/mL [U-13C]-Val, [U-13C]-Met SARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide, 400 ug/mL POPC, 100 ug/mL POPG, Aqueous buffer13C-Val_13C-Met_ETMAqueous buffer
liposome11100 saturated [U-15N] ammonium chloride salt, Aqueous buffer15NH4ClAqueous buffer
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-100% 15N]1
400 ug/mLPOPCnatural abundance1
100 ug/mLPOPGnatural abundance1
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Ile2
400 ug/mLPOPCnatural abundance2
100 ug/mLPOPGnatural abundance2
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Phe3
400 ug/mLPOPCnatural abundance3
100 ug/mLPOPGnatural abundance3
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Ala4
400 ug/mLPOPCnatural abundance4
100 ug/mLPOPGnatural abundance4
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Val5
400 ug/mLPOPCnatural abundance5
100 ug/mLPOPGnatural abundance5
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Thr6
400 ug/mLPOPCnatural abundance6
100 ug/mLPOPGnatural abundance6
80 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-15N]-Leu7
400 ug/mLPOPCnatural abundance7
100 ug/mLPOPGnatural abundance7
40 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-13C]-Leu, [U-13C]-Val8
400 ug/mLPOPCnatural abundance8
100 ug/mLPOPGnatural abundance8
20 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-13C]-Leu, [U-13C]-Phe9
400 ug/mLPOPCnatural abundance9
100 ug/mLPOPGnatural abundance9
20 ug/mLSARS-CoV-2 envelope protein transmembrane peptide[U-13C]-Val, [U-13C]-Met10
400 ug/mLPOPCnatural abundance10
100 ug/mLPOPGnatural abundance10
100 saturatedammonium chloride salt[U-15N]11
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
15 mM17.5 1 atm295 K
25 Not defined17.5 Not defined1 atm295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NAMDUniversity of Illinois at Urbana Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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