PDB-8u12: Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u12

タイトル

Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-antitoxin Systems from Mycobacterium tuberculosis

要素

Antitoxin Rv0298

キーワード

ANTITOXIN / Toxin antitoxin modules / Type II TA system / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

positive regulation of growth / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin Rv0298

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-antitoxin Systems from Mycobacterium tuberculosis
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2023年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u12.cif.gz	220.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u12.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u12_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u12_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	8u12_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8u12_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u12	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97382

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antitoxin Rv0298

B: Antitoxin Rv0298

C: Antitoxin Rv0298

D: Antitoxin Rv0298

E: Antitoxin Rv0298

F: Antitoxin Rv0298

G: Antitoxin Rv0298

H: Antitoxin Rv0298

ヘテロ分子

66.3 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.237, 141.237, 86.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

#1: タンパク質	Antitoxin Rv0298 分子量: 8234.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: Rv0298 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P9WJ09
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.0 M magnesium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 84954 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 20.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3917 / CC_1/2: 0.411 / R_pim(I) all: 0.556 / R_rim(I) all: 0.968 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→22.36 Å / SU ML: 0.2121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.5181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	4094	4.84 %
R_work	0.1655	80479	-
obs	0.1664	84573	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3032	0	20	414	3466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2305	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0773	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0165	574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9216	1253

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3398	124	0.3465	2373	X-RAY DIFFRACTION	85.43
1.62-1.64	0.3221	136	0.3387	2664	X-RAY DIFFRACTION	93.83
1.64-1.66	0.3094	184	0.2735	2627	X-RAY DIFFRACTION	95.58
1.66-1.68	0.2697	113	0.2524	2713	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.68-1.7	0.2557	175	0.2184	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.7-1.73	0.2283	140	0.2168	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.73-1.75	0.2582	134	0.1994	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.75-1.78	0.1751	137	0.1913	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.1856	121	0.1848	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2406	156	0.1756	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2006	142	0.1795	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.1997	116	0.1784	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2044	124	0.1914	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.2396	170	0.2005	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2096	189	0.1623	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.2212	139	0.1538	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.1895	115	0.1469	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.21	0.1695	146	0.1368	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.1789	201	0.1475	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.36	0.1703	141	0.1625	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.45	0.1394	102	0.1472	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.56	0.1877	132	0.1569	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.7	0.1571	158	0.159	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.87	0.2028	162	0.1649	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.09	0.2109	112	0.1645	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.4	0.1472	150	0.1505	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.89	0.1455	122	0.1387	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.89	0.165	116	0.144	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-22.36	0.175	137	0.1787	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.19771736016	0.664610777624	-0.335089570988	2.47307400285	0.780271810291	1.48232472461	0.0212119078456	-0.320633779256	-0.0101307673914	0.108420362422	-0.0332118123902	0.247243680215	-0.0486668410081	-0.216259288025	-0.0119902227242	0.15393631036	0.0114078550498	-0.0312406696383	0.24530315167	0.0185888494221	0.174208793469	1.85712048237	36.5137520892	30.925709394
2	4.56700635782	0.649773182691	3.22324451485	3.27356077949	2.62851752646	6.52922153609	-0.0562784054458	0.0345507503537	0.242692950725	-0.0435021329337	0.0193854523656	0.0834741122285	-0.0245608937889	-0.0263300388739	0.0739284828827	0.118281638176	-0.0076531633995	0.00357651819933	0.168520190398	0.0454834244055	0.178908011794	-0.6892051649	36.8039157738	18.3508818129
3	5.70906287996	-5.08108390239	5.90641341502	4.85826806154	-5.54165956239	6.55321343593	-0.149718141834	-0.776732157325	-0.239890448534	-0.326061171574	-0.152623319597	-0.950555142511	0.607200366147	0.0299988371174	0.273947596248	0.357862355508	0.0591087548019	0.0422327269515	0.478009581069	0.11735922173	0.454370905884	-2.32177118816	31.6817709465	33.570782563
4	3.44643030098	-3.15279035558	-1.5307823633	3.03603220051	1.07401740555	2.23265287806	0.0930236766993	0.262201626019	0.040977952109	-0.217371476436	-0.151393497871	0.161668159765	-0.0540243518104	-0.345389234955	0.104677968108	0.176891079599	-0.0124288110602	-0.0319183334704	0.265889563463	0.0238511145515	0.197633830159	-8.93697450503	30.2843528595	20.0081472441
5	8.63325095798	4.9536415331	-1.84875875723	3.94384906802	-1.08481344857	2.29977421328	0.131512607693	-0.317579711616	-0.073388646943	0.13518389081	-0.127872468705	-0.0281981857894	0.0508978587916	0.00373983577561	-0.00841554624844	0.123202769117	0.0039774479394	-0.00895960762767	0.157335816479	0.0217102855399	0.129958720754	3.69085287764	30.7715655092	22.6527996415
6	4.51458635761	4.07355240543	-2.31935703127	5.04707170379	-0.726400623661	3.19797571262	-0.184329387707	0.320329327713	-0.421838594474	1.11834062179	0.292164644984	0.0455160850044	0.232289666337	-0.769446664024	-0.366328356578	0.473107731753	-0.053318286141	0.0599809859492	0.364730434669	-0.0139153931885	0.360554193985	-53.4941927203	-0.54305365097	28.9019991853
7	1.08263408945	-0.802607925503	1.97219050203	5.76419757813	-5.25094672833	6.82084008645	0.00322432333932	0.226500584868	0.00222805350933	-0.123118405934	-0.100422942238	-0.166391341991	-0.04725097979	0.32392348104	0.067376422915	0.168013719255	-0.0134178951559	0.052983257764	0.211086565725	-0.0326079322156	0.194389881493	-38.2394021867	2.45676251546	28.6407138147
8	3.88739752636	-3.15902886234	-2.11690029647	7.0983960536	4.05269751224	3.66420500445	-0.0240507720132	0.0685924480631	-0.250664101669	-0.058281408033	-0.062875889865	0.203478895321	0.0612472126962	-0.072894657341	0.0772876439094	0.131630717985	-0.0145981372699	0.0237746148574	0.126971145931	-0.00900730921679	0.129813802919	-47.3440165782	5.57246282883	37.9222781511
9	5.24323052474	0.339957666822	-0.274489848335	6.80528835751	6.19347496959	5.71815639694	0.406416719648	-0.239644142012	0.76232155462	-0.0917332379374	-0.784333492053	0.783940359634	-0.658953032027	-0.689237921706	0.341616165727	0.239950083376	0.0116222125059	0.0489520939923	0.207524865777	-0.0679224885603	0.30706552343	-52.3735433945	24.9241276967	46.9304462163
10	6.43760152091	0.362974272017	-2.92110989491	9.23362641708	-6.64796639357	9.89800477615	-0.0113617412608	0.607817345992	0.153660630278	-0.104555499795	-0.42699596675	-0.00782898746455	-0.0856171805666	0.184386280978	0.437148979004	0.266105019812	-0.024290208987	0.0221016948647	0.251904360743	-0.050585178909	0.248820154941	-50.316034203	3.19817174114	24.5560437199
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18	6.07835128424	2.81880486909	-2.08064334704	8.07797431954	-7.18185325914	7.19443676009	0.0776227161905	-0.316999523711	-0.522586709704	0.654136264909	0.198320875866	0.00244651734555	-0.790937851454	0.0734261279177	-0.275601135161	0.417928932962	-0.0540414050781	0.0317195408873	0.239103421696	-0.046060145325	0.278466753438	-20.112364979	4.27634117651	23.0163997578
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25	4.40698328654	1.92939322408	-0.322004786869	4.5718306774	-2.90965796493	8.75936917318	0.217251969845	-0.392047069565	0.946977360187	0.0803335685254	-0.386451163831	0.0247954305007	-0.730550762699	1.23092237225	0.0196522496624	0.203565582067	-0.083391603329	0.00355672220297	0.279686389746	0.0360049654303	0.234945573634	19.1731838435	44.1084757055	14.6246511735

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 28 )	A	A	1 - 28	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 50 )	A	A	29 - 50	29 - 50
3	3	chain 'B' and (resid 2 through 11 )	B	B	2 - 11	1 - 10
4	4	chain 'B' and (resid 12 through 28 )	B	B	12 - 28	11 - 27
5	5	chain 'B' and (resid 29 through 45)	B	B	29 - 45	28 - 44
6	6	chain 'C' and (resid 2 through 11 )	C	C	2 - 11	1 - 10
7	7	chain 'C' and (resid 12 through 28 )	C	C	12 - 28	11 - 27
8	8	chain 'C' and (resid 29 through 45 )	C	C	29 - 45	28 - 44
9	9	chain 'C' and (resid 46 through 50 )	C	C	46 - 50	45 - 49
10	10	chain 'D' and (resid 1 through 11 )	D	D	1 - 11	1 - 11
11	11	chain 'D' and (resid 12 through 50 )	D	D	12 - 50	12 - 50
12	12	chain 'E' and (resid 2 through 11 )	E	E	2 - 11	1 - 10
13	13	chain 'E' and (resid 12 through 28 )	E	E	12 - 28	11 - 27
14	14	chain 'E' and (resid 29 through 45 )	E	E	29 - 45	28 - 44
15	15	chain 'E' and (resid 46 through 50 )	E	E	46 - 50	45 - 49
16	16	chain 'F' and (resid 1 through 11 )	F	F	1 - 11	1 - 11
17	17	chain 'F' and (resid 12 through 50 )	F	F	12 - 50	12 - 50
18	18	chain 'G' and (resid 1 through 11 )	G	G	1 - 11	1 - 11
19	19	chain 'G' and (resid 12 through 28 )	G	G	12 - 28	12 - 28
20	20	chain 'G' and (resid 29 through 50 )	G	G	29 - 50	29 - 50
21	21	chain 'H' and (resid 2 through 11 )	H	H	2 - 11	1 - 10
22	22	chain 'H' and (resid 12 through 28 )	H	H	12 - 28	11 - 27
23	23	chain 'H' and (resid 29 through 45 )	H	H	29 - 45	28 - 44
24	24	chain 'H' and (resid 46 through 50 )	H	H	46 - 50	45 - 49
25	25	Chain 'B' and (resid 46 through 50)	B	B	46 - 50	45 - 49

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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