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Yorodumi- PDB-8u12: Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u12 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-antitoxin Systems from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | Antitoxin Rv0298 | ||||||
Keywords | ANTITOXIN / Toxin antitoxin modules / Type II TA system / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | ||||||
Function / homology | positive regulation of growth / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin Rv0298 Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Antitoxin Protein Rv0298 of Type II Toxin-antitoxin Systems from Mycobacterium tuberculosis Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8u12.cif.gz | 220.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8u12.ent.gz | 147.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8u12.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8u12_validation.pdf.gz | 465.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8u12_full_validation.pdf.gz | 466 KB | Display | |
Data in XML | 8u12_validation.xml.gz | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8u12_validation.cif.gz | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u12 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8234.988 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Gene: Rv0298 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: P9WJ09 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.0 M magnesium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 84954 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 20.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3917 / CC1/2: 0.411 / Rpim(I) all: 0.556 / Rrim(I) all: 0.968 / % possible all: 91.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→22.36 Å / SU ML: 0.2121 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 17.5181 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→22.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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