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- PDB-8u0r: The crystal structure of protein A21, a component of the conserve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0r
タイトルThe crystal structure of protein A21, a component of the conserved poxvirus entry-fusion complex
要素Virion membrane protein A21
キーワードVIRAL PROTEIN / Poxvirus / entry-fusion complex / poxvirus A21 protein / vaccinia virus
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Poxvirus A21 / Poxvirus A21 Protein
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-ETHANETHIOL / ETHANOL / IODIDE ION / ISOPROPYL ALCOHOL / METHANOL / 1,3-PROPANDIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / R-1,2-PROPANEDIOL / N-PROPANOL / Virion membrane protein A21
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Diesterbeck, U. / Gittis, A.G. / Garboczi, D.N. / Moss, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: The 2.3 angstrom Structure of A21, a Protein Component of the Conserved Poxvirus Entry-Fusion Complex.
著者: Diesterbeck, U.S. / Muslinkina, L.A. / Gittis, A.G. / Singh, K. / Moss, B. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion membrane protein A21
B: Virion membrane protein A21
C: Virion membrane protein A21
D: Virion membrane protein A21
E: Virion membrane protein A21
F: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,88673
ポリマ－66,0516
非ポリマー4,83667
水1,51384
1
A: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,76213
ポリマ－11,0081
非ポリマー75312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,39717
ポリマ－11,0081
非ポリマー1,38916
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,77612
ポリマ－11,0081
非ポリマー76811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,71010
ポリマ－11,0081
非ポリマー7029
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4398
ポリマ－11,0081
非ポリマー4317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Virion membrane protein A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,80113
ポリマ－11,0081
非ポリマー79312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.860, 70.060, 78.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Virion membrane protein A21


分子量: 11008.442 Da / 分子数: 6 / 変異: Residues 24-117 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: MVA131L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68711

-
非ポリマー , 16種, 151分子

#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-DHL / 2-AMINO-ETHANETHIOL / 2,3-DESHYDROLANTHIONINE / システアミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 77.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NS
#12: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#13: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#14: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#15: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#16: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 % / 解説: Rod-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: One mL of protein at a concentration of 10 mg/ml in i10 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.0 was mixed with 1 mL of mother liquor containing 20% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 10% ethanol, and 1-5% ...詳細: One mL of protein at a concentration of 10 mg/ml in i10 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.0 was mixed with 1 mL of mother liquor containing 20% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 10% ethanol, and 1-5% cocktail mixture of low molecular alcohols,

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.31 Å / Num. obs: 22602 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.31 % / Biso Wilson estimate: 48.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1595 / Rrim(I) all: 0.399 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.31 Å / SU ML: 0.3143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.0987
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 1810 8.01 %
Rwork0.2113 20792 -
obs0.2136 22602 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 213 84 3686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01133602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30134804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2326523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.11541255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.33161270.29241468X-RAY DIFFRACTION91.14
2.36-2.430.36111400.27041606X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.32231400.26711598X-RAY DIFFRACTION99.89
2.51-2.60.30341390.26051598X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.28621380.25171590X-RAY DIFFRACTION99.94
2.7-2.830.28861390.23991597X-RAY DIFFRACTION99.94
2.83-2.980.27631390.24241606X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.160.22711420.22681626X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.410.23691380.20121599X-RAY DIFFRACTION99.88
3.41-3.750.21721400.19161605X-RAY DIFFRACTION99.94
3.75-4.290.18211400.18251609X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.20841420.17051632X-RAY DIFFRACTION100
5.4-39.310.26381460.23291658X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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