PDB-8u0i: Crystal structure of PA0012 complexed with cyclic-di-GMP from Pse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u0i

タイトル

Crystal structure of PA0012 complexed with cyclic-di-GMP from Pseudomonas aeruginosa

要素

PilZ domain-containing protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Complex

機能・相同性

PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Chem-C2E / PilZ domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.541 Å

データ登録者

Hammons, N.A. / Schnicker, N.J. / Fuentes, E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PA0012 complexed with cyclic-di-GMP from Pseudomonas aeruginosa
著者: Hammons, N.A. / Schnicker, N.J. / Fuentes, E.J.

履歴

登録	2023年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u0i.cif.gz	55.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u0i.ent.gz	38.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u0i_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u0i_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8u0i_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	8u0i_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PilZ domain-containing protein

ヘテロ分子

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.317, 50.317, 90.596
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-216- HOH

#1: タンパク質	PilZ domain-containing protein 分子量: 9969.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 遺伝子: PA0012 / プラスミド: pET21a 詳細 (発現宿主): Modified with an N-terminal cleavable hexa-His tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9I7B4
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5.3 mg/mL PA0012 and 2.5 mM cyclic-di-GMP. 0.2 M NH4SO4, 15% (w/v) PEG4000, 0.1 M Tri-NaCit pH=5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→43.99 Å / Num. obs: 17945 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.27 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 32.9 % / R_merge(I) obs: 1.064 / Num. unique obs: 865 / CC_1/2: 0.971 / R_pim(I) all: 0.187 / R_rim(I) all: 1.08 / Χ²: 0.01 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.541→43.988 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.189 / WR_factor R_work: 0.155 / SU B: 1.612 / SU ML: 0.055 / Average fsc free: 0.9656 / Average fsc work: 0.9708 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2101	873	4.881 %	RANDOM
R_work	0.1733	17012	-	-
all	0.175	-	-	-
obs	-	17885	99.989 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.631 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.631 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.262 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.541→43.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	663	0	110	91	864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.048	1.837	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	1.747	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.885	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.335	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.516	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.457	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.98	10	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.087	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.629	2.425	346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.628	2.418	345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.931	4.319	433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.928	4.318	433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.889	2.806	457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.89	2.808	458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.714	4.929	679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.709	4.93	680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.971	30.04	932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.977	30.045	933

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.541-1.581	0.268	51	0.301	1250	0.3	1303	0.908	0.917	99.8465	0.294
1.581-1.624	0.24	69	0.272	1193	0.27	1262	0.963	0.938	100	0.261
1.624-1.671	0.327	58	0.233	1157	0.237	1215	0.932	0.956	100	0.215
1.671-1.723	0.219	44	0.217	1144	0.217	1188	0.961	0.965	100	0.195
1.723-1.779	0.248	66	0.197	1093	0.2	1159	0.964	0.971	100	0.17
1.779-1.841	0.206	53	0.19	1050	0.191	1103	0.976	0.976	100	0.162
1.841-1.911	0.236	49	0.176	1043	0.179	1092	0.968	0.979	100	0.145
1.911-1.989	0.198	55	0.165	1002	0.167	1057	0.976	0.982	100	0.135
1.989-2.077	0.173	46	0.167	948	0.167	994	0.978	0.983	100	0.139
2.077-2.178	0.159	44	0.149	925	0.149	969	0.985	0.987	100	0.126
2.178-2.296	0.184	49	0.158	888	0.159	937	0.98	0.986	100	0.133
2.296-2.434	0.243	40	0.154	813	0.158	853	0.966	0.984	100	0.129
2.434-2.602	0.193	46	0.171	787	0.172	833	0.978	0.982	100	0.143
2.602-2.81	0.233	51	0.173	736	0.177	787	0.968	0.981	100	0.144
2.81-3.076	0.25	38	0.168	669	0.172	707	0.96	0.982	100	0.144
3.076-3.437	0.207	28	0.163	630	0.164	658	0.978	0.984	100	0.146
3.437-3.965	0.168	31	0.143	561	0.144	592	0.984	0.988	100	0.135
3.965-4.847	0.212	25	0.141	482	0.144	507	0.976	0.989	100	0.136
4.847-6.813	0.23	17	0.208	391	0.209	408	0.982	0.981	100	0.198
6.813-43.988	0.186	13	0.229	250	0.227	263	0.973	0.972	100	0.228

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