PDB-8u0f: Bacterial fluorescent protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u0f

タイトル

Bacterial fluorescent protein

要素

Bacterial fluorescent protein alpha
Bacterial fluorescent protein beta

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / Bacterial protein / Bacterial light harvesting complex / Phycobilisome

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Ceramium secundatum (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Gully, B.S. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial fluorescent protein
著者: Gully, B.S. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2023年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u0f.cif.gz	343.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u0f.ent.gz	233.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u0f_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u0f_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8u0f_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	8u0f_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Bacterial fluorescent protein alpha

C: Bacterial fluorescent protein beta

K: Bacterial fluorescent protein alpha

L: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

78.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Bacterial fluorescent protein alpha

C: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

B: Bacterial fluorescent protein alpha

C: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

B: Bacterial fluorescent protein alpha

C: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: Bacterial fluorescent protein alpha

L: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

K: Bacterial fluorescent protein alpha

L: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

K: Bacterial fluorescent protein alpha

L: Bacterial fluorescent protein beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.610, 186.610, 59.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	CYS	CYS	chain 'B'	B	A	1 - 164	1 - 164
1	2	1	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'B'	B	E	201
1	3	1	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'B'	B	F	202
2	4	1	MET	MET	CYS	CYS	chain 'K'	K	C	1 - 164	1 - 164
2	5	1	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'K'	K	J	201
2	6	1	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'K'	K	K	202
1	7	2	MET	MET	ILE	ILE	chain 'C'	C	B	1 - 176	1 - 176
1	8	2	PUB	PUB	PUB	PUB	chain 'C'	C	G	201
1	9	2	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'C'	C	H	202
1	10	2	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'C'	C	I	203
2	11	2	MET	MET	ILE	ILE	chain 'L'	L	D	1 - 176	1 - 176
2	12	2	PUB	PUB	PUB	PUB	chain 'L'	L	L	201
2	13	2	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'L'	L	M	202
2	14	2	CYC	CYC	CYC	CYC	chain 'L'	L	N	203

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Bacterial fluorescent protein alpha 分子量: 17775.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ceramium secundatum (真核生物) / 遺伝子: cpeA / 発現宿主: Ceramium secundatum (真核生物) / 参照: UniProt: Q1AH74
#2: タンパク質	Bacterial fluorescent protein beta 分子量: 18352.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ceramium secundatum (真核生物) / 遺伝子: cpeB / 発現宿主: Ceramium secundatum (真核生物) / 参照: UniProt: Q1AH60
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN 分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 1.2 M ammonium sulfate, 4% w/v benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→55.77 Å / Num. obs: 46942 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.67 Å² / CC_1/2: 0.964 / R_pim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6827 / CC_1/2: 0.209 / R_pim(I) all: 0.685 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→42.59 Å / SU ML: 0.2627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.0704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2513	2404	5.13 %
R_work	0.1987	44442	-
obs	0.2015	46846	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→42.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5466	0	0	282	5748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	5560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3259	7572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0597	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2949	2128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.11	0.312	138	0.2373	2556	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.11-2.16	0.3037	160	0.2304	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.16-2.21	0.2685	120	0.2187	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.21-2.26	0.3065	121	0.2167	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.26-2.32	0.2713	156	0.2068	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.32-2.39	0.2817	117	0.2074	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.47	0.2878	129	0.2032	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.47-2.56	0.2778	111	0.2071	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.56-2.66	0.2609	142	0.1978	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.66-2.78	0.2831	145	0.2168	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.93	0.2652	148	0.2124	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.11	0.3233	140	0.2142	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.11-3.35	0.25	170	0.2017	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.35-3.69	0.2417	167	0.1864	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.69-4.22	0.1938	158	0.1671	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-5.32	0.1984	148	0.1671	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-42.59	0.2203	134	0.2033	2605	X-RAY DIFFRACTION	98.85

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 105.72861758 Å / Origin y: 188.741332289 Å / Origin z: 3.09195965396 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.057671596972 Å²	-0.029352686933 Å²	-0.0077077641705 Å²	-	0.0287956490529 Å²	0.0042428166193 Å²	-	-	0.055921142254 Å²
L	0.241823700586 °²	-0.0446561406327 °²	-0.0775727634536 °²	-	0.0573841825951 °²	0.0376507217545 °²	-	-	0.168364905961 °²
S	-0.0346306869427 Å °	0.0187172708871 Å °	0.052605417032 Å °	0.0357958806631 Å °	0.0222951722424 Å °	-0.0186253884028 Å °	-0.040924007107 Å °	0.0218246538556 Å °	-0.00563504092788 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)